| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 813,820 | G→T | 10.0% | E104* (GAA→TAA) | moaB → | inactive molybdopterin adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 813,820 | 0 | G | T | 10.0% | 1136.7 / 67.5 | 311 | E104* (GAA→TAA) | moaB | inactive molybdopterin adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (129/151); new base T (18/13); total (147/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GCTACGCTATTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTGAAGTGTTCCGGATGTTGTCGTTTGAAGAGATTGGCACTTCCACGTTGCAATCTCGTGCGGTAGCGGGCGTCGCCAACAAAACGCTGATTTTCGCCATGCCGGGTTCGACCAAAGCGTGCCGTACCGCATGGGAAAATATCATCGCGCCG > CP009273/813671‑813969 | gctacgctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTg < 1:3752461/150‑1 (MQ=255)gctacgctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTg < 2:920002/150‑1 (MQ=255)gctacgctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTg > 1:2913590/1‑150 (MQ=255) tacgctaTTCGCGCTCATGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTGaa < 2:4274790/150‑1 (MQ=255) tacgctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTGaa > 2:4420806/1‑150 (MQ=255) acgctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTGAAg > 1:1049242/1‑150 (MQ=255) cgctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTGAAgt < 1:2467334/150‑1 (MQ=255) gctaTTCGCGCTCAGGTATCTGCGTGGATCGCCAGCGACGATGTACAAGTGGTATTGATTACGGGTGGTACTGGCCTGACGGAAGGTGATCAGGCTCCCGAAGCATTGCTGCCGTTGTTCGACCGTGAAGTTGAAGGTTTTGGTGAAgtg < 1:4916787/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |