Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 829,223 | G→A | 7.8% | S233N (AGC→AAC) | dinG → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 829,223 | 0 | G | A | 7.8% | 1228.1 / 64.5 | 345 | S233N (AGC→AAC) | dinG | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (158/159); new base A (15/12); total (173/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
CTGGCGTCGTTTAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTG > CP009273/829074‑829371 | tGGCGTCGTTTAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCGAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAaagc > 1:618323/1‑150 (MQ=255) tcgtTTAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAaagcgaagc < 2:2217852/150‑1 (MQ=255) gtTTAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCgg < 1:1017225/150‑1 (MQ=255) tttAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGt < 1:2769531/150‑1 (MQ=255) tAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTGTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTAt > 1:268092/1‑150 (MQ=255) aGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTg > 2:3566796/1‑150 (MQ=255) gTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGc < 2:291572/150‑1 (MQ=255) gTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGc < 2:2552785/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGaaaa > 2:2896933/1‑150 (MQ=255) aGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGaaaaaa > 1:4797982/1‑149 (MQ=255) aGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAAt > 1:5079716/1‑150 (MQ=255) aGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAAt > 1:4065674/1‑150 (MQ=255) cTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAAttt > 1:1535137/1‑150 (MQ=255) 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cgATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCa > 1:4736582/1‑150 (MQ=255) cgATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCa < 1:1416322/150‑1 (MQ=255) gATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCAc > 1:3731860/1‑150 (MQ=255) gATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCAc > 1:4210338/1‑150 (MQ=255) gATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCAc < 1:440242/150‑1 (MQ=255) aTGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACg < 2:1462265/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGaa > 2:11261/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGaa < 1:4002414/150‑1 (MQ=255) gAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGaaa > 1:3582890/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGaaa < 1:4380549/150‑1 (MQ=255) aagcgaagcgGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACt < 2:4488246/150‑1 (MQ=255) agcgaagcgGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTg > 2:1736076/1‑150 (MQ=255) | CTGGCGTCGTTTAAGTACCGACAAAGCCAGCTGCCTCAACCGCAATTGTTACTACTATCGTGAATGCCCGTTTTTTGTCGCTCGTCGGGAGATTCAGGAAGCGGAAGTGGTGGTGGCAAACCATGCGCTGGTGATGGCGGCGATGGAAAGCGAAGCGGTATTGCCTGACCCGAAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTG > CP009273/829074‑829371 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |