Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 92,294 | C→A | 30.9% | R386R (CGC→CGA) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 92,294 | 0 | C | A | 30.9% | 607.2 / 271.2 | 317 | R386R (CGC→CGA) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/115); new base A (38/60); total (142/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAG > CP009273/92147‑92443 | cGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCgt > 1:503470/1‑150 (MQ=255) gTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCgtgt < 1:2722192/150‑1 (MQ=255) cAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGTGGCGGCATAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTaa < 1:788399/150‑1 (MQ=255) aaTGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAg < 2:4909446/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTggg < 1:601634/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCGGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGAGGGCGAGGCGGCAAAAGCTCCTGGTCTTGACCGCGTGTTAAGCGTggg > 1:2022431/1‑150 (MQ=255) agcagTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTaa > 2:5088087/1‑150 (MQ=255) agTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACa < 1:1065541/150‑1 (MQ=255) tCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACaaa < 1:4204951/150‑1 (MQ=255) tCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACaaa < 2:3945506/150‑1 (MQ=255) cAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGc > 2:1241167/1‑150 (MQ=255) ggTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCa > 1:2865058/1‑150 (MQ=255) ggTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCa > 1:3247816/1‑150 (MQ=255) gTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCAt < 2:2211048/150‑1 (MQ=255) tACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACGGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATg > 1:2291900/1‑150 (MQ=255) aCTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGc < 1:781322/150‑1 (MQ=255) gCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATc < 2:2711592/150‑1 (MQ=255) gAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGc < 2:3440968/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCAcc < 2:1109681/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGc > 2:16566/1‑150 (MQ=255) gggCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAg < 2:1285631/150‑1 (MQ=255) gCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAgcg < 2:12696/150‑1 (MQ=255) tACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAgcggc < 1:1019804/150‑1 (MQ=255) aCCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGACAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAgcggcg < 1:1272220/150‑1 (MQ=255) gcgTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTg < 2:3688199/150‑1 (MQ=255) gcgTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTg < 1:4098064/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGc > 2:1443768/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGa > 2:1407791/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGa < 2:710878/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGaa > 2:3845727/1‑150 (MQ=255) ggtggtggGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACa < 1:4286940/150‑1 (MQ=255) ggtggtggGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACa > 2:3302199/1‑150 (MQ=255) ggtggtggGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACa < 1:2608508/150‑1 (MQ=255) 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aGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTaa > 1:3528155/1‑150 (MQ=255) ggcggcAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAAt < 1:1479226/150‑1 (MQ=255) cggcAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTa < 2:1932827/150‑1 (MQ=255) cAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGa > 1:2673306/1‑150 (MQ=255) aaaaGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGAt > 2:218221/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |