Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 92,728 | G→T | 10.6% | L80L (CTG→CTT) | mraY → | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 92,728 | 0 | G | T | 10.6% | 1108.7 / 68.3 | 308 | L80L (CTG→CTT) | mraY | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (129/146); new base T (23/10); total (152/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGGTGGTGCTGGTAGGTTACGGTGTTATTGGCTTTGTTGATGATTATCGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCG > CP009273/92580‑92876 | gACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGAc > 2:1400597/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACg > 1:4793865/1‑150 (MQ=255) gcgcTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCg < 2:2583025/150‑1 (MQ=255) tGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATtg < 1:1112992/150‑1 (MQ=255) tGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATtg > 1:3163459/1‑150 (MQ=255) tGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACAATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATtg > 1:1207567/1‑150 (MQ=255) gTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATtgt < 2:622794/150‑1 (MQ=255) gTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATtgt < 2:621693/150‑1 (MQ=255) gTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATtgt < 2:3749357/150‑1 (MQ=255) cATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCg > 1:4444724/1‑150 (MQ=255) cttGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGt < 1:2317593/149‑1 (MQ=255) aTTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGt < 2:2843865/150‑1 (MQ=255) tgtgGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTTACGGCGATTGTGATCTCCGTAc > 1:3449678/1‑150 (MQ=255) tgtgGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTAc > 1:5104215/1‑150 (MQ=255) tgtgGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTAc < 2:3777572/150‑1 (MQ=255) tGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCtgt < 1:1904970/150‑1 (MQ=255) gggCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCtgtg < 1:1446012/150‑1 (MQ=255) gggCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCtgtg < 2:562297/150‑1 (MQ=255) 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gTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTAcc > 2:2074252/1‑150 (MQ=255) aTTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTcc < 1:3334462/150‑1 (MQ=255) cTCATGTGCAACCACTGTCCGGGGGTCAGGTGGTGCGGAACGACGGTCCTGAATCACACGTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATc < 2:3645715/150‑1 (MQ=255) tCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATcc > 2:4447806/1‑150 (MQ=255) tCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATcc < 2:3578355/150‑1 (MQ=255) tCATTTGCAAAAACTTTCCTGTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATcc < 2:1341349/150‑1 (MQ=255) cATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCg < 1:4505534/150‑1 (MQ=255) cATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCg < 1:4267121/150‑1 (MQ=255) cATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCg > 1:826273/1‑150 (MQ=255) cATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCg > 2:746687/1‑150 (MQ=255) aTTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCTGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACTGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGt > 2:4973146/1‑150 (MQ=255) aTTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTTACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGt > 1:1100912/1‑150 (MQ=255) aTTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTTACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGt > 1:3635251/1‑150 (MQ=255) aTTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGt > 2:15159/1‑150 (MQ=255) ttGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTAc > 1:4293451/1‑150 (MQ=255) ttGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTAc < 2:1275554/150‑1 (MQ=255) tGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACg > 1:2881626/1‑150 (MQ=255) gCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTTACGGCGAGTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGt > 2:2103417/1‑150 (MQ=255) gCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGt > 1:4108259/1‑150 (MQ=255) cAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTc > 2:2680597/1‑150 (MQ=255) aaaaCTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTg < 2:2415269/150‑1 (MQ=255) aaaCTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTgg > 2:4346689/1‑150 (MQ=255) aaaCTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTgg > 1:1655801/1‑150 (MQ=255) aaaCTTTCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTgg > 2:3437146/1‑150 (MQ=255) ttCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCgt > 1:2216585/1‑150 (MQ=255) tCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCgtg > 1:3996163/1‑150 (MQ=255) tCCTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCgtg < 2:333744/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGtt < 1:3738403/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGtt < 2:3210759/150‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTtgg < 2:3988305/150‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTtggt > 1:4618239/1‑150 (MQ=255) tCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTggtggt < 2:507922/150‑1 (MQ=255) tCAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTggtggt < 1:4845423/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTTACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGgtggtg < 2:2275459/150‑1 (MQ=255) aGGTGGTGCGTAACGACGGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGGTGGTGc > 1:1575319/1‑150 (MQ=255) 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gacgGTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGGTGGTGCTGGTAGGTTACGgt > 1:1708325/1‑150 (MQ=255) ggTCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGTTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATATCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCAGTACGTCTGGTGCGTGTGGGTGGTGCTGGTAGGTTACGGTGtt > 1:762005/1‑150 (MQ=255) tCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGGTGGTGCTGGTAGGTTACGGTGTTAt < 1:284002/150‑1 (MQ=255) tCCTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGGTGGTGCTGGTAGGTTACGGTGTTAt > 1:1287461/1‑150 (MQ=255) ccTGAATCACACTTCAGCAAGCGCGGTACGCCGACCATGGGCGGGATTATGATCCTGACGGCGATTGTGATCTCCGTACTGCTGTGGGCTTACCCGTCCAATCCGTACGTCTGGTGCGTGTTGGTGGTGCTGGTAGGTTACGGTGTTAtt < 2:2261024/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |