Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 991,460 | A→T | 16.3% | L314Q (CTG→CAG) | ssuA ← | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 991,460 | 0 | A | T | 16.3% | 863.3 / 155.3 | 320 | L314Q (CTG→CAG) | ssuA | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/135); new base T (34/18); total (167/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.70e-01 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
ATAGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAA > CP009273/991313‑991609 | ataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGt > 1:1348872/1‑150 (MQ=255) ataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGt < 2:5019841/150‑1 (MQ=255) ccAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAg < 1:3066331/150‑1 (MQ=255) cAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTGTTCCTTCCAGTTGAGt > 2:2411008/1‑150 (MQ=255) gACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTggg < 1:4099849/150‑1 (MQ=255) gACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTggg < 1:373814/150‑1 (MQ=255) aCGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGc > 1:2532035/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGc > 1:3357733/1‑150 (MQ=255) tCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGcc > 1:1840226/1‑150 (MQ=255) tCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGcc > 1:3564529/1‑150 (MQ=255) ccgccgCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCa < 2:2992704/150‑1 (MQ=255) cgccgcTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAg > 1:4419724/1‑150 (MQ=255) gccgcTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGa > 2:4965644/1‑150 (MQ=255) cgcgTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATg < 2:3762172/150‑1 (MQ=255) cgcTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATg < 1:1913239/150‑1 (MQ=255) cgcTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATg < 1:3204621/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATgcg > 1:841203/1‑150 (MQ=255) tGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCt < 2:59415/150‑1 (MQ=255) tGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCt > 1:1414984/1‑150 (MQ=255) gcgcAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTg < 2:2483908/150‑1 (MQ=255) cgcAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTgg < 2:4189095/150‑1 (MQ=255) cgcAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTgg < 1:544727/150‑1 (MQ=255) cgcAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTgg > 2:189960/1‑150 (MQ=255) 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tAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACttttt < 2:4074687/150‑1 (MQ=255) tAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGGTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACttttt < 2:537796/150‑1 (MQ=255) aaCCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACtttttt > 2:1321783/1‑150 (MQ=255) aaCCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACtttttt < 2:1728372/150‑1 (MQ=255) aCCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTc < 1:2591027/150‑1 (MQ=255) aCCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTc < 2:2348679/150‑1 (MQ=255) gTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACGAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGc > 1:4274297/1‑150 (MQ=255) tGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCa > 1:882549/1‑150 (MQ=255) cGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGa > 1:2205523/1‑150 (MQ=255) gggCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGAt > 1:1105067/1‑150 (MQ=255) ngCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGAtt > 2:4856941/2‑150 (MQ=255) ggCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGAtt > 1:3826732/1‑150 (MQ=255) gAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCAt > 2:1208089/1‑150 (MQ=255) aaCCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATa > 1:4664676/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATaaa > 2:671875/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |