Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 999,165 | A→C | 8.4% | T91P (ACC→CCC) | ycbV → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 999,165 | 0 | A | C | 8.4% | 933.1 / 78.3 | 322 | T91P (ACC→CCC) | ycbV | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (151/144); new base C (12/15); total (163/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-01 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
ACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTG > CP009273/999017‑999314 | acaGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTGAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAc < 2:683612/150‑1 (MQ=255) caGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAcc > 1:5029968/1‑150 (MQ=255) caGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAcc > 2:2789551/1‑150 (MQ=255) aGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAccc > 1:2272523/1‑150 (MQ=255) gATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAccccc < 2:1561356/150‑1 (MQ=255) aTAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCg < 1:273402/150‑1 (MQ=255) tAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGACCCCCCGa > 1:4392999/1‑150 (MQ=255) tAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGa > 1:1259957/1‑150 (MQ=255) agcaagcaAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGAc < 1:3591144/150‑1 (MQ=255) agcaagcaAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGAc < 2:4291635/150‑1 (MQ=255) caagcaaATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACgg > 1:1402921/1‑150 (MQ=255) caagcaaATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACgg > 1:4323060/1‑150 (MQ=255) aagcaaATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGa < 2:4707848/150‑1 (MQ=255) 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aGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGc < 1:2469498/150‑1 (MQ=255) aTGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGa > 2:395983/1‑150 (MQ=255) tGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGACCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAg > 1:4463972/1‑150 (MQ=255) tGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGACCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAg > 1:2379203/1‑150 (MQ=255) cAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTaa > 1:1542267/1‑150 (MQ=255) gCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAg < 1:339907/150‑1 (MQ=255) cACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGACCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGa < 1:3985321/150‑1 (MQ=255) cGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACt < 2:3637640/150‑1 (MQ=255) ttGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACa < 1:4271838/150‑1 (MQ=255) ttGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACa > 1:3738337/1‑150 (MQ=255) cGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCt < 2:2425933/150‑1 (MQ=255) tttCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCg > 1:3239506/1‑150 (MQ=255) tttCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCg < 1:4800178/150‑1 (MQ=255) ggACCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAg < 1:2714085/150‑1 (MQ=255) gAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAgg > 1:737881/1‑150 (MQ=255) aaCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGt > 1:2009077/1‑150 (MQ=255) aCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTg < 1:2355260/150‑1 (MQ=255) | ACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTG > CP009273/999017‑999314 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |