| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,132,494 | T→A | 25.3% | I255I (ATT→ATA) | flgI → | putative flagellar basal body protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,132,494 | 0 | T | A | 25.3% | 690.9 / 270.4 | 340 | I255I (ATT→ATA) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (130/124); new base A (49/37); total (179/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CGCGTGCGTGGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGACTGTGGTTAC > CP009273/1132345‑1132643 | cgcgTGCGTGGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGAtt > 2:292545/1‑150 (MQ=255) cgtgcgtgGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTaa > 2:771455/1‑150 (MQ=255) gcgtgGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACNc < 1:2541147/150‑1 (MQ=255) 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ggACGCTAAAGTAGTGATAAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTtggtgg > 1:2166028/1‑150 (MQ=255) aCGCTAAAGTAGTGATAAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTtggtggtg < 1:4607458/150‑1 (MQ=255) gCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGa < 2:603035/150‑1 (MQ=255) aaGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGa > 1:4858746/1‑150 (MQ=255) aaGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGa > 1:3341573/1‑150 (MQ=255) 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aTTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGACTGTGGtt > 2:2656655/1‑150 (MQ=255) tAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGACTGTGGTTAc > 2:3598310/1‑150 (MQ=255) | CGCGTGCGTGGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGACTGTGGTTAC > CP009273/1132345‑1132643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |