Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 97,893 | T→A | 30.6% | F214L (TTT→TTA) | murC → | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 97,893 | 0 | T | A | 30.6% | 523.0 / 315.4 | 326 | F214L (TTT→TTA) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/105); new base A (47/53); total (168/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
TTGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTATCA > CP009273/97744‑98042 | ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTttat < 1:1300286/150‑1 (MQ=255) ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTttat > 1:3204798/1‑150 (MQ=255) gggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACGTttatt > 2:3380133/1‑150 (MQ=255) gCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTaa > 2:1678641/1‑150 (MQ=255) aTGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtt < 1:1068566/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtt > 2:3499077/1‑150 (MQ=255) tGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAttt < 1:4941499/150‑1 (MQ=255) gggTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAttt < 2:1004374/149‑1 (MQ=255) ggTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtttt < 1:3903744/150‑1 (MQ=255) ggTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAAtttt > 2:147975/1‑150 (MQ=255) gTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGca > 1:1670674/1‑150 (MQ=255) tACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGcac < 2:4910166/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGcaca < 1:53458/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGcaca < 1:759493/150‑1 (MQ=255) cTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTCCCAGGGCGACTGTGAGACTTTAAAACAGACGGTTCTTCAGTTTCTGCACAAc > 2:3974105/1‑150 (MQ=255) gATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCt < 2:755399/150‑1 (MQ=255) gAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGttt > 1:335288/1‑150 (MQ=255) aaGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGtttt < 2:2771345/150‑1 (MQ=255) 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aTGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGa < 1:4006028/150‑1 (MQ=255) aTGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGa < 2:505388/150‑1 (MQ=255) tGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGAt < 2:1778089/150‑1 (MQ=255) cATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGAtgt > 1:1252494/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGtt < 2:477551/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTGTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGtt > 1:341530/1‑150 (MQ=255) tCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTtg > 2:526648/1‑150 (MQ=255) cTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTtgat < 2:1317503/150‑1 (MQ=255) gCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGt > 1:1529296/1‑150 (MQ=255) cAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTg > 2:1900124/1‑150 (MQ=255) 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aGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTagaag < 1:442383/150‑1 (MQ=255) tattaATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTATca < 2:3880990/150‑1 (MQ=255) | TTGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTATCA > CP009273/97744‑98042 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |