| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,246,435 | T→A | 5.0% | intergenic (‑141/‑87) | dhaK ← / → dhaR | dihydroxyacetone kinase, PTS‑dependent, dihydroxyacetone‑binding subunit/dhaKLM operon transcription activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,246,435 | 0 | T | A | 5.0% | 944.8 / 27.7 | 272 | intergenic (‑141/‑87) | dhaK/dhaR | dihydroxyacetone kinase, PTS‑dependent, dihydroxyacetone‑binding subunit/dhaKLM operon transcription activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/122); new base A (10/4); total (146/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAG > CP009273/1246286‑1246584 | ttttttCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCttt > 2:4601644/1‑150 (MQ=255) tttttCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATTATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCAATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACAAATGCTTTa > 2:2223317/1‑150 (MQ=255) ttttCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTaa < 1:3778190/150‑1 (MQ=255) 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tattTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGAAACGGCGACCAATGACTGACGATGAATCCATTGTGCATCAGTCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGATTTaatgaattt > 2:2101522/1‑148 (MQ=255) attTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGtt > 1:132887/1‑150 (MQ=255) attTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGtt > 1:2123477/1‑150 (MQ=255) ttttGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTc < 1:5044540/150‑1 (MQ=255) tttGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTcc < 2:2589407/150‑1 (MQ=255) 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tACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACtttt > 1:668192/1‑150 (MQ=255) cGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTAc < 2:4429504/150‑1 (MQ=255) ggTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACg > 2:2855708/1‑150 (MQ=255) tAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACgtg > 1:3580700/1‑150 (MQ=255) tAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACgtg < 1:837977/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |