| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 109,800 | A→T | 19.6% | intergenic (‑94/‑131) | coaE ← / → guaC | dephospho‑CoA kinase/GMP reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 109,800 | 0 | A | T | 19.6% | 785.5 / 181.9 | 316 | intergenic (‑94/‑131) | coaE/guaC | dephospho‑CoA kinase/GMP reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/131); new base T (36/25); total (159/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CAACGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAATTTATGGGATTGTAGCGTAAAAAAAGACAATTTCGCAGTCTTGCGCCGCATTGATTAGTGCGTATGATAGCGTCACTGGAGTTGCGCTCTTACCCTTATAGCCATTAACCCCAGGAATCCGCACATGCGTATTGAAGAAGATC > CP009273/109652‑109949 | cGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTa < 2:3531350/150‑1 (MQ=255) tACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAAt > 1:1989632/1‑150 (MQ=255) aCTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATTATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAAtt < 2:1417503/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |