Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,369,694 | G→A | 15.9% | D159N (GAT→AAT) | ycjQ → | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,369,694 | 0 | G | A | 15.9% | 982.6 / 156.1 | 340 | D159N (GAT→AAT) | ycjQ | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (149/137); new base A (33/21); total (182/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
CCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTAAC > CP009273/1369547‑1369843 | cGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTAGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAtt > 2:2431742/1‑150 (MQ=255) ctctCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAtttt < 2:2844630/150‑1 (MQ=255) ctctCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAtttt < 1:2676697/150‑1 (MQ=255) ctctCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAtttt < 2:1134804/150‑1 (MQ=255) ctctCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAtttt > 2:1695594/1‑150 (MQ=255) tctcCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTtg > 2:756298/1‑150 (MQ=255) ctcCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTtgt < 1:110085/150‑1 (MQ=255) ccGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGAATTTTgtgg > 2:2910707/1‑150 (MQ=255) 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gaCGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTgtggtggt < 1:4696472/150‑1 (MQ=255) aCGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTgtggtggtg < 2:3696045/150‑1 (MQ=255) cGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGAATTTTGtggtggtgg < 2:4739394/150‑1 (MQ=255) cGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGGAGGGGATTTTGtggtggtgg > 2:3453811/1‑150 (MQ=255) cGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCGACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGtggtggtgg > 2:399837/1‑150 (MQ=255) tcatcaTTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAg < 1:3519826/150‑1 (MQ=255) atcatTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAggg > 1:2026257/1‑150 (MQ=255) atcatTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAggg > 1:934824/1‑150 (MQ=255) catTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCt < 1:4928020/150‑1 (MQ=255) catTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCt < 1:2549166/150‑1 (MQ=255) atTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCtt > 1:1887753/1‑150 (MQ=255) atTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAGTTTGTGGTGGTGGTAGGGCtt > 2:3861939/1‑150 (MQ=255) tAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTgg < 2:1894489/150‑1 (MQ=255) tAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTgg > 2:2657166/1‑150 (MQ=255) tAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTgg > 1:136726/1‑150 (MQ=255) gCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCa < 1:226861/150‑1 (MQ=255) gCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCa > 2:5019397/1‑150 (MQ=255) gCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCa > 2:4348594/1‑150 (MQ=255) gCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCa > 1:3164027/1‑150 (MQ=255) gTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATc < 2:1359694/150‑1 (MQ=255) 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gcgcGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCg > 1:2209105/1‑150 (MQ=255) aTGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACg > 2:528257/1‑150 (MQ=255) aaCGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGcgcg > 1:3319222/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGa > 1:2739454/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGa > 2:2254271/1‑150 (MQ=255) 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aGGGAATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCt > 1:215597/1‑150 (MQ=255) ggATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTaa < 2:4468173/150‑1 (MQ=255) | CCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTAAC > CP009273/1369547‑1369843 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |