| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 113,722 | G→T | 6.8% | V105V (GTC→GTA) | ppdD ← | putative prepilin peptidase‑dependent pilin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 113,722 | 0 | G | T | 6.8% | 1112.5 / 34.4 | 286 | V105V (GTC→GTA) | ppdD | putative prepilin peptidase‑dependent pilin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/120); new base T (13/8); total (158/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TGTGGAATATTCATTGCCGCTCCTTAGTTGGCGTCATCAAAGCGGAAGACATCTTCGCAGGCTTGCTGCAATGCGCTGTCACTTTGAATATTGCAGTTGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATGACGACGCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGAATGCCATTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCTAATCCACCATGTTCCAGCGCGCA > CP009273/113573‑113871 | tgtgGAATATTCATTGCCGCTCCTTAGTTGGCGTCATCAAAGCGGAAGACATCTTCGCAGGCTTGCTGCAATGCGCTGTCACTTTGAATATTGCAGTTGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATgacg > 1:1886336/1‑150 (MQ=255)tgtgGAATATTCATTGCCGCTCCTTAGTTGGCGTCATCAAAGCGGAAGACATCTTCGCAGGCTTGCTGCAATGCGCTGTCACTTTGAATATTGCAGTTGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATgacg < 2:5116579/150‑1 (MQ=255)tgtgGAATATTCATTGCCGCTCCTTAGTTGGCGTCATCAAAGCGGAAGACATCTTCGCAGGCTTGCTGCAATGCGCTGTCACTTTGAATATTGCAGTTGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATgacg > 2:713532/1‑150 (MQ=255) 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cgacgCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGAATGCCATTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCTAATCCACCATGTTCCAgcgcgc > 1:1861470/1‑150 (MQ=255) gacgCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGAATGCCATTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCTAATCCACCATGTTCCAGCGCGca > 1:4188594/1‑150 (MQ=255) | TGTGGAATATTCATTGCCGCTCCTTAGTTGGCGTCATCAAAGCGGAAGACATCTTCGCAGGCTTGCTGCAATGCGCTGTCACTTTGAATATTGCAGTTGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATGACGACGCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGAATGCCATTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCTAATCCACCATGTTCCAGCGCGCA > CP009273/113573‑113871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |