Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,586,871 | G→T | 24.8% | intergenic (‑172/+51) | hipB ← / ← yneO | antitoxin of HipAB toxin‑antitoxin system/pseudogene, AidA homolog |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,586,871 | 0 | G | T | 24.8% | 681.8 / 169.8 | 278 | intergenic (‑172/+51) | hipB/yneO | antitoxin of HipAB toxin‑antitoxin system/pseudogene, AidA homolog |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (103/105); new base T (38/32); total (141/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TCCGCTTAAGGGGATATTATAAGTTTTATCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATATTTCACTCCCAGCATGCCCTGAGTATCGCTATAGCCTTTATCACCTAGTTGCACACCGACATTCCCCCACAGGCTAAGGTTGTTATT > CP009273/1586723‑1587020 | tCCGCTTAAGGGGATATTTTATGTTTTATCCTTTAGTGAGGATATGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGTAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGa < 2:2086363/150‑1 (MQ=255) ggATATTATAAGTTTTATCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAata > 2:187397/1‑150 (MQ=255) ataAGTTTTATCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGcc > 2:4579194/1‑150 (MQ=255) 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tttATCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGc > 1:563493/1‑150 (MQ=255) tttATCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGc < 1:2395531/150‑1 (MQ=255) ctCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCAt < 2:2805607/149‑1 (MQ=255) aTCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCAt > 1:1523391/1‑150 (MQ=255) aTCCTTTAGTGAGGATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCAt < 2:1878763/150‑1 (MQ=255) 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ggATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCgg < 1:153105/150‑1 (MQ=255) gATAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGc > 1:1200574/1‑150 (MQ=255) aTAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCt > 2:1389431/1‑150 (MQ=255) tAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCtt < 2:3966082/150‑1 (MQ=255) tAAGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCtt > 2:3553469/1‑150 (MQ=255) aGTCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAACTAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTtat < 2:3972182/150‑1 (MQ=255) tCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATAc < 2:2927386/150‑1 (MQ=255) tCAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATAc < 1:3798447/150‑1 (MQ=255) cAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACg > 1:2294025/1‑150 (MQ=255) cAATCTGGAAACACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACg > 1:3457512/1‑150 (MQ=255) 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aaCACATCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAg < 2:2488040/150‑1 (MQ=255) acaTCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCta > 1:1967161/1‑150 (MQ=255) caTCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCtat < 1:4471449/150‑1 (MQ=255) aTCTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCtata > 2:2495184/1‑150 (MQ=255) cTTATCCGCTCTACGGGATAAACGCTGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATAtt < 2:4245740/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |