| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,724,534 | G→T | 7.8% | V397V (GTG→GTT) | lhr → | putative ATP‑dependent helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,724,534 | 0 | G | T | 7.8% | 1104.8 / 43.2 | 289 | V397V (GTG→GTT) | lhr | putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (129/137); new base T (14/9); total (143/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GACGTTTTTATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGTATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTT > CP009273/1724385‑1724683 | gACGTTTTTATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTg > 1:4817800/1‑150 (MQ=255)gACGTTTTTATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTg < 1:1455870/150‑1 (MQ=255) cGTTTTTATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGAt < 2:2472727/150‑1 (MQ=255) gTTTTTATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGAtt < 2:1666525/150‑1 (MQ=255) tttttATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTc > 1:3817948/1‑150 (MQ=255) tttttATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGAGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTc > 2:3204236/1‑150 (MQ=255) tttATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAg < 2:3419683/150‑1 (MQ=255) tATTGCCCGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCATGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGt < 2:1556685/150‑1 (MQ=255) cccGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTTATTCAGGTGGCaa > 1:1054631/1‑150 (MQ=255) cccGCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCaa > 2:1072443/1‑150 (MQ=255) gCTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAAcgc > 1:3781399/1‑150 (MQ=255) cTCACACCACGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAAcgcc < 1:301531/150‑1 (MQ=255) accacGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCttt > 1:258269/1‑150 (MQ=255) ccacGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTc < 2:2339258/150‑1 (MQ=255) cacGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCt > 2:3940678/1‑150 (MQ=255) acGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTg < 1:5056950/150‑1 (MQ=255) acGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTg > 1:2356408/1‑150 (MQ=255) cGGCTCCGTCTCTAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGt > 2:1355465/1‑150 (MQ=255) 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ctctAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTgg < 2:770721/150‑1 (MQ=255) tctAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTTATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTggg < 2:2033791/150‑1 (MQ=255) tctAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTggg < 1:2106429/150‑1 (MQ=255) ctAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGt > 2:4207797/1‑150 (MQ=255) ctAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGt > 2:4207616/1‑150 (MQ=255) ctAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGt > 2:4860961/1‑150 (MQ=255) tAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGtt < 2:1693366/150‑1 (MQ=255) tAAAGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGtt < 2:3125658/150‑1 (MQ=255) aaaGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTTATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTa > 2:3790993/1‑150 (MQ=255) aaaGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTa > 2:1454845/1‑150 (MQ=255) aaaGAACAACGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTa > 2:62698/1‑150 (MQ=255) aacaacGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAAc > 2:4362637/1‑150 (MQ=255) acaacGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACg > 2:4144562/1‑150 (MQ=255) caacGAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGc > 1:4964572/1‑150 (MQ=255) gAGCAATCACCGAACAGGCGCTGAAATCGGGTGAATTACGCTGCGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTg < 2:901833/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |