Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 134,028 | G→T | 40.7% | A153A (GCG→GCT) | cueO → | multicopper oxidase (laccase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 134,028 | 0 | G | T | 40.7% | 374.0 / inf | 328 | A153A (GCG→GCT) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/103); new base T (45/89); total (136/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
GGGCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGAT > CP009273/133879‑134177 | gCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGAt < 1:3092258/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGAt < 1:632730/150‑1 (MQ=255) tGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCATGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATgg < 1:2545139/150‑1 (MQ=255) tGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATgg < 2:311113/150‑1 (MQ=255) gAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATgggg < 2:1092384/150‑1 (MQ=255) gTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGggctg < 1:2876617/150‑1 (MQ=255) gTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGggctg > 1:2326564/1‑150 (MQ=255) cccGGGTGACGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTCTGGggctggc > 2:14754/2‑150 (MQ=255) gggTGAAGTCGCCGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGCCGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGctggctgg < 2:3634708/150‑1 (MQ=255) tGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTggctgggct < 1:28520/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTggctgggctg > 1:3262155/1‑150 (MQ=255) gAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGAGGGGGCTggctgggctg > 1:1011772/1‑150 (MQ=255) gTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCtggtg < 1:4931619/150‑1 (MQ=255) cGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTggtggt < 1:3881861/150‑1 (MQ=255) gACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCtggtgggg > 2:421784/1‑148 (MQ=255) aCGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGa < 1:4598645/150‑1 (MQ=255) ggcggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCAGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACATGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGAtt > 1:2784868/1‑150 (MQ=255) gcggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTg < 1:3192940/150‑1 (MQ=255) ggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGaa < 2:2394965/150‑1 (MQ=255) gcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAg < 1:4276769/150‑1 (MQ=255) gcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAg < 1:1716300/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGAt > 1:1171073/1‑150 (MQ=255) cGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATg < 1:1706759/150‑1 (MQ=255) aGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACg > 1:270969/1‑150 (MQ=255) gggAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACga < 1:3933341/150‑1 (MQ=255) ggAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACgag > 1:2273859/1‑150 (MQ=255) aaTTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGAt > 2:2197093/1‑150 (MQ=255) attattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATc > 2:2544521/1‑150 (MQ=255) tattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCt > 2:1002057/1‑150 (MQ=255) tagtCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCt < 2:358344/147‑1 (MQ=255) attCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTg > 2:4587305/1‑150 (MQ=255) ttCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGa > 2:2637655/1‑150 (MQ=255) ttCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGa < 2:1123765/150‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGa < 1:866806/150‑1 (MQ=255) tCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGaa < 2:3520340/150‑1 (MQ=255) cGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGACCGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGTCAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAATATGACGAGATCCTGAAAt < 2:2754873/150‑1 (MQ=255) cGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAAt < 2:1656266/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAAtt < 2:2851951/150‑1 (MQ=255) 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cATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGcc < 1:266796/150‑1 (MQ=255) cATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGcc > 2:671378/1‑150 (MQ=255) aTCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCg > 2:340814/1‑150 (MQ=255) gCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACgg < 1:1980404/150‑1 (MQ=255) gCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACgg < 2:3618681/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |