| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,726,437 | C→A | 9.3% | L1032I (CTC→ATC) | lhr → | putative ATP‑dependent helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,726,437 | 0 | C | A | 9.3% | 1027.7 / 55.5 | 278 | L1032I (CTC→ATC) | lhr | putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/134); new base A (12/14); total (130/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CAGCGATGATTAGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGTATTT > CP009273/1726288‑1726586 | aGCGATGATTAGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTAtct > 2:856230/1‑150 (MQ=255) cGATGATTAGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTcc < 2:3966866/150‑1 (MQ=255) gatgatTAGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCg < 1:4727895/150‑1 (MQ=255) ttAGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTc < 1:3257240/150‑1 (MQ=255) aGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCAt < 1:1031990/150‑1 (MQ=255) aGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCAt > 2:4365651/1‑150 (MQ=255) cAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTg > 2:2638550/1‑150 (MQ=255) cAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTg < 2:3426488/150‑1 (MQ=255) gAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTc < 1:3846227/150‑1 (MQ=255) gAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTc < 2:3990583/150‑1 (MQ=255) aGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCa > 1:2534818/1‑150 (MQ=255) cGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACg < 2:1114386/150‑1 (MQ=255) cTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCt > 2:5116072/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTg > 1:4389610/1‑150 (MQ=255) cTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGaaca > 2:43144/1‑150 (MQ=255) tGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGaacaa > 2:1817464/1‑150 (MQ=255) aTGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTg < 1:1077425/150‑1 (MQ=255) aTGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTg < 2:2313475/150‑1 (MQ=255) 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gagTCATTGACAGAGATTTATTTACAAATAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCATTCTCCGCAATCTCCGGGCTCAGGCTCACGTAACGCCTGAACAACTGGCTCATCAGTTTAGGCTCGGTATTGCCATTGACGAAGACCAGCTTAAg > 2:1450434/1‑150 (MQ=255) agTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGc > 2:3877890/1‑150 (MQ=255) tCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCaa > 1:687048/1‑150 (MQ=255) tGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGc < 2:617525/150‑1 (MQ=255) ccAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGt > 1:5132260/1‑150 (MQ=255) 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ttatttaCATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAggg < 1:906829/150‑1 (MQ=255) tatttaCATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGt < 2:33863/150‑1 (MQ=255) tttaCATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCt < 2:1168646/150‑1 (MQ=255) taCATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTgg < 1:3237605/150‑1 (MQ=255) aCATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGt > 1:3614860/1‑150 (MQ=255) 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tctTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGa < 1:1298624/150‑1 (MQ=255) tctTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACAGGCTCAAGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGa > 2:1681733/1‑150 (MQ=255) ctTTCTGCGCTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAg < 1:1010515/150‑1 (MQ=255) ctTTCTGCGCTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAg > 2:1989642/1‑150 (MQ=255) cTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGAt > 1:3825992/1‑150 (MQ=255) gcgcTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGa < 1:2819050/150‑1 (MQ=255) cgcTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGaa > 1:2482480/1‑150 (MQ=255) cgcTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGaa < 1:2636311/150‑1 (MQ=255) gcTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAg > 2:1873499/1‑150 (MQ=255) gcTATATCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGacg > 2:276747/1‑148 (MQ=255) cTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGt < 2:758097/150‑1 (MQ=255) aTCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCACCAAGACATCTGGGTGAGCGCTGACGTAt > 2:2342744/1‑150 (MQ=255) aTCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGTAt < 2:3630398/150‑1 (MQ=255) tctcCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGTAtt < 2:3761642/150‑1 (MQ=255) tctcCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGTAtt < 1:3030944/150‑1 (MQ=255) tctcCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGTAtt < 2:1204169/150‑1 (MQ=255) ctcCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGATCACCTGGCTCATGAGTTTTGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGTATCTGCAACACGTCATCTGGGTGAGAGATGAAGTAttt < 1:170360/150‑1 (MQ=255) | CAGCGATGATTAGCGGACAGGAGCGTCTTGCCTGTATGGATGATGCCGCCAGGCTGCGTGATGCCCTCGGCGTACGACTACCAGAGTCATTGCCAGAGATTTATTTACATAGAGTCAGTTACCCGCTTCGCGACCTCTTTCTGCGCTATCTCCGGGCTCATGCTCTGGTCACGGCTGAACAACTGGCTCATGAGTTTAGTCTCGGTATTGCCATTGTCGAAGAGCAGCTTCAGCAACTGCGTGAACAGGGTCTGGTGATGAATCTGCAACAAGACATCTGGGTGAGCGATGAAGTATTT > CP009273/1726288‑1726586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |