Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,767,963 | C→A | 21.5% | P399T (CCT→ACT) | ydiN → | MFS transporter superfamily protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,767,963 | 0 | C | A | 21.5% | 682.7 / 141.1 | 260 | P399T (CCT→ACT) | ydiN | MFS transporter superfamily protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/96); new base A (21/35); total (129/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGC > CP009273/1767814‑1768112 | gACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTc < 2:5017114/150‑1 (MQ=255) gACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTc > 1:4159883/1‑150 (MQ=255) aCTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTcc > 2:2437377/1‑150 (MQ=255) 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ttGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAatgatg < 2:2342513/150‑1 (MQ=255) tGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGAtgt > 2:4863854/1‑150 (MQ=255) aTTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGTCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAAGTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTAATTATTCCTGAAAATGATGAGCgg > 2:3109163/1‑150 (MQ=255) aTTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCgg > 2:3110205/1‑150 (MQ=255) ccACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGttt < 2:2526934/150‑1 (MQ=255) 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cgTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGc > 1:2567402/1‑150 (MQ=255) gTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGcc > 1:154694/1‑150 (MQ=255) | GACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGC > CP009273/1767814‑1768112 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |