Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,798,834 | G→A | 27.6% | pseudogene (1060/1476 nt) | arpB → | pseudogene, ankyrin repeats |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,798,834 | 0 | G | A | 27.6% | 457.7 / 212.0 | 243 | pseudogene (1060/1476 nt) | arpB | pseudogene, ankyrin repeats |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/85); new base A (39/28); total (130/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAA > CP009273/1798685‑1798981 | tAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATgg < 2:594220/150‑1 (MQ=255) aCGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTg > 2:924465/1‑150 (MQ=255) aCGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTg > 1:3164515/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |