Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,899,495 | G→A | 6.5% | K146K (AAG→AAA) | yobD → | UPF0266 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,899,495 | 0 | G | A | 6.5% | 1061.2 / 44.1 | 293 | K146K (AAG→AAA) | yobD | UPF0266 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/141); new base A (10/9); total (142/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
AGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGAATTTAGCCAAAGCTATGTTTAGTGTATTTTTAATAATCAGACATAGCTTAGGCTATATTACCTCTTCCCTTATTTGTTATTTATTTTAACGTTTCATTGATATATAAATCCAAATGAAAAT > CP009273/1899348‑1899644 | ttttttCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTtct < 2:3078588/150‑1 (MQ=255) ttttttCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAACTtct > 1:4610454/1‑150 (MQ=255) tttCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGt > 2:4432803/1‑150 (MQ=255) 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aGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGAATTTAGCCAAAGCTATGTTTAGTGTATTTTTAATAATCAGACATAGCTTAGGCTATATTACCTCTTCCCTTATTTGTTATTTATTTTAACGTTTCATTGATATATAAATCCAAATGaaaa < 1:5144544/150‑1 (MQ=255) gCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGAATTTAGCCAAAGCTATGTTTAGTGTATTTTTAATAATCAGACATAGCTTAGGCTATATTACCTCTTCCCTTATTTGTTATTTATTTTAACGTTTCATTGATATATAAATCCAAATGAAAAt > 1:3996404/1‑150 (MQ=255) | AGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGAATTTAGCCAAAGCTATGTTTAGTGTATTTTTAATAATCAGACATAGCTTAGGCTATATTACCTCTTCCCTTATTTGTTATTTATTTTAACGTTTCATTGATATATAAATCCAAATGAAAAT > CP009273/1899348‑1899644 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |