| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 151,296 | C→A | 7.8% | M206I (ATG→ATT) | htrE ← | putative outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 151,296 | 0 | C | A | 7.8% | 1162.5 / 47.5 | 306 | M206I (ATG→ATT) | htrE | putative outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/160); new base A (14/10); total (136/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CCCGTCGTATAAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCGTTAAATGCAGCATAAATGCTTTCATTTTTTCGACCAGGGGTTTCACTATGATATCCGTTGAGGTTGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTAC > CP009273/151147‑151445 | cgtcgtATAAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCAt < 2:3037856/150‑1 (MQ=255) tcgtATAAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATcc > 2:4367180/1‑150 (MQ=255) cgtATAAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATccc > 1:3489156/1‑150 (MQ=255) cgtATAAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATccc > 2:3181108/1‑150 (MQ=255) tataAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCAc < 2:4688723/150‑1 (MQ=255) tataAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCAc > 2:5072477/1‑150 (MQ=255) ataAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCACAcc < 2:1565213/150‑1 (MQ=255) taAGACTCACCAAGAATGAGTTGAGAACGCAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCg < 1:829031/150‑1 (MQ=255) 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cAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCGTTAAATGCAGCATAAATGCTTTCAttttt < 1:2836199/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCGTTAAATGCAGCATAAATGCTTTCAttttt > 1:1404486/1‑150 (MQ=255) aGCGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCGTTAAATGCAGCATAAATGCTTTCAtttttt < 1:3550577/150‑1 (MQ=255) cGAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCGTTAAATGCAGCATAAATGCTTTCATTTTTTCg > 2:38709/1‑150 (MQ=255) gAGGCGATATCACGCTGAACATACCGATTCTTAAAATCATAATTACTGCCAGAATCGGTCATCCAGTTGTAGTTGCCCGAGGCACGCAGTCGCCATGCACCTAAATTCATCCCACCGTTAAATGCAGCATAAATGCTTTCATTTTTTCGa > 1:2521441/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |