Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 1,997,314 | G→T | 86.2% | intergenic (‑227/‑39) | fliC ← / → fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,997,314 | 0 | G | T | 86.2% | 820.1 / 139.2 | 334 | intergenic (‑227/‑39) | fliC/fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/16); new base T (179/109); total (209/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAG > CP009273/1997167‑1997460 | tCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTAtt > 1:259525/1‑150 (MQ=255) tCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGtt < 2:2396573/150‑1 (MQ=255) gTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGtttt > 2:1748988/1‑150 (MQ=255) gTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGtttt < 1:1414247/150‑1 (MQ=255) tAAAACAACCTTTATAATTTTTTTCAAAATCAGCCATTTTTTGTTATTAGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCATTATTCCCTCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTCAGAAAATCAGAACGATAAACCCTGTATTCGATTTa > 2:3437724/1‑150 (MQ=255) tAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTa > 1:4971910/1‑150 (MQ=255) aaaCAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACg > 1:4489484/1‑150 (MQ=255) aaaCAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACg < 1:3340000/150‑1 (MQ=255) acaacCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACgtg < 2:503687/150‑1 (MQ=255) acaacCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACgtg > 2:4487888/1‑150 (MQ=255) caacCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACgtgt > 1:1617742/1‑150 (MQ=255) caacCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACgtgt > 1:1479314/1‑150 (MQ=255) aacCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTc < 2:1323619/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |