| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,067,399 | 0 | G | T | 7.9% | 1249.7 / 51.0 | 329 | A794S (GCG→TCG) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (139/164); new base T (14/12); total (153/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCTGTGGGCTGACAT > CP009273/2067251‑2067544 | ccgtcTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACcgc > 1:5074642/1‑150 (MQ=255) ctcAGCATGCCGGGCGGTCATCTCGGTCCCGATAACCAGGGCGGTCGTGCCCGTGGGGCCACGCCGGACAGCAGCGGCAGCGATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCgggg < 2:3110203/150‑1 (MQ=255) aGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGta > 2:1386626/1‑150 (MQ=255) 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gaACAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTacaca < 1:128514/150‑1 (MQ=255) aCAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACg < 1:5116147/150‑1 (MQ=255) ggTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGtcctc > 1:4241560/1‑150 (MQ=255) ggTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGtcctc < 2:233697/150‑1 (MQ=255) gTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGtcctcc < 1:3828475/150‑1 (MQ=255) 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gtgACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCTGTGGGCTGAc < 1:2328378/150‑1 (MQ=255) gtgACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCTGTGGGCTGAc > 1:1114538/1‑150 (MQ=255) | CCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTCTGTGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCTGTGGGCTGACAT > CP009273/2067251‑2067544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |