| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,102,364 | T→C | 6.8% | I234M (ATA→ATG) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,102,364 | 0 | T | C | 6.8% | 903.5 / 42.9 | 265 | I234M (ATA→ATG) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/128); new base C (11/7); total (130/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCAGCAA > CP009273/2102215‑2102512 | acacGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACt < 1:1161655/150‑1 (MQ=255)acacGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACt < 1:1235354/150‑1 (MQ=255)acacGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACt > 1:3052056/1‑150 (MQ=255) 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gATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCaataat > 2:1042533/1‑150 (MQ=255) gATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCaataat > 1:2356303/1‑150 (MQ=255) ataataACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAAtt < 2:1181164/150‑1 (MQ=255) ataataACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAAtt < 1:4124854/150‑1 (MQ=255) aataaCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTcc < 2:374775/150‑1 (MQ=255) aataaCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTcc > 1:3890473/1‑150 (MQ=255) ataaCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCa > 2:626772/1‑150 (MQ=255) ataaCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCa > 2:626974/1‑150 (MQ=255) ataaCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCa < 1:1846025/150‑1 (MQ=255) taaCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCAg > 1:4038935/1‑150 (MQ=255) aCTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCAGCa > 2:4834797/1‑150 (MQ=255) cTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCAGCaa < 1:997117/150‑1 (MQ=255) | ACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTACCAATCCAACCTTCATGAACAACGATAGCTAGTGCAATAATTCCAGCAA > CP009273/2102215‑2102512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |