Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,168,487 | A→T | 42.3% | D14E (GAT→GAA) | gatA ← | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,168,487 | 0 | A | T | 42.3% | 195.2 / inf | 307 | D14E (GAT→GAA) | gatA | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/87); new base T (66/64); total (156/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168341‑2168635 | aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGa > 1:3781398/1‑150 (MQ=255) gCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACaa > 1:4476835/1‑150 (MQ=255) gTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCATTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAg < 2:3045597/150‑1 (MQ=255) gTATTGAAATATCGTGCTGCTCAATCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACaaaat < 2:2521621/150‑2 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGa < 2:677158/150‑1 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGa < 1:2142410/150‑1 (MQ=255) cAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTc < 1:4265483/150‑1 (MQ=255) cAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTc > 1:2865765/1‑150 (MQ=255) aaTAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTcc < 2:761486/150‑1 (MQ=255) aaTAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTcc < 1:824350/150‑1 (MQ=255) aTAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCg > 2:4684725/1‑150 (MQ=255) tgctgcTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGa > 2:2086688/1‑150 (MQ=255) ctgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaac < 2:3492086/150‑1 (MQ=255) tgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaaca > 2:167488/1‑150 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaa > 2:4279085/1‑150 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaa < 1:691241/150‑1 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaa > 2:310385/1‑150 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaa < 2:2599575/150‑1 (MQ=255) aaGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAg > 1:5130940/1‑150 (MQ=255) aaGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGACAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAg > 2:4506532/1‑150 (MQ=255) aGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAgg < 2:4438424/150‑1 (MQ=255) aGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAgg > 2:4525672/1‑150 (MQ=255) cATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGtt > 1:5065748/1‑150 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTa < 2:3299318/150‑1 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTa > 2:5005766/1‑150 (MQ=255) tATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGt < 2:4583477/150‑1 (MQ=255) tCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCa > 2:4482075/1‑150 (MQ=255) cccGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCat > 1:3562808/1‑150 (MQ=255) cccGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGATAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAAAAAACAGGTTAGTCat > 1:3599990/1‑150 (MQ=255) ggTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTCAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTCCGAACAAACAGGTTAGTCAtata > 2:5131383/1‑150 (MQ=255) gTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATAc > 2:3757985/1‑150 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGt < 2:192220/150‑1 (MQ=255) gAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTcc > 1:4934370/1‑150 (MQ=255) 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ttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCTCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCTCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATa < 1:2267365/150‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATa < 2:2801415/150‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATa > 2:880801/1‑150 (MQ=255) ttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATa < 2:791986/150‑1 (MQ=255) tGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATaa > 1:1632353/1‑150 (MQ=255) 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ccGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTAtt > 1:2489129/1‑150 (MQ=255) atatGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCt < 2:243153/150‑1 (MQ=255) atatGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCt < 1:2547098/150‑1 (MQ=255) atGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGa < 1:4330254/150‑1 (MQ=255) tGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGAt < 1:533665/150‑1 (MQ=255) 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ttAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAAtt < 1:2376097/150‑1 (MQ=255) ttAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGAAAAtt > 2:3414305/1‑150 (MQ=255) aaaCTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTccc > 1:1013780/1‑150 (MQ=255) aaaCTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTccc < 1:3066742/150‑1 (MQ=255) aaCTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTcccc < 2:390828/150‑1 (MQ=255) 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tACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGaa > 1:2238929/1‑150 (MQ=255) tACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGaa < 2:4212201/150‑1 (MQ=255) | CAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168341‑2168635 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |