| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 162,905 | G→T | 6.9% | V563V (GTG→GTT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 162,905 | 0 | G | T | 6.9% | 1300.8 / 44.4 | 332 | V563V (GTG→GTT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/167); new base T (9/14); total (151/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
CCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGGGGC > CP009273/162756‑163054 | ccAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTg < 1:1794841/150‑1 (MQ=255)ccAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTg > 1:5033705/1‑150 (MQ=255) cGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTTGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGATTGATGc < 2:4841478/150‑1 (MQ=255) 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gTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTgggg < 2:4040638/150‑1 (MQ=255) tGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAAGTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTggggg > 2:3110458/1‑150 (MQ=255) | CCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGGGGC > CP009273/162756‑163054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |