| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,210,858 | A→T | 5.1% | L10Q (CTG→CAG) | yehX ← | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,210,858 | 0 | A | T | 5.1% | 1214.3 / 37.6 | 345 | L10Q (CTG→CAG) | yehX | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (166/161); new base T (6/12); total (172/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
AGCGGATCTCTCCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATCGAACAGCGCGTCGGTAAGCACCGCCAGAACAATTACCGGGATCACCCCCAGCAACACTAAATCAATGGCGCTGCTTAGCAGCCCCTG > CP009273/2210709‑2211007 | aGCGGATCTCTCCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACa < 1:405512/150‑1 (MQ=255)aGCGGATCTCTCCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACa < 1:912831/150‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGt > 2:2206060/1‑150 (MQ=255) ctcCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGa < 1:4256653/150‑1 (MQ=255) ctcCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGa > 1:4745359/1‑150 (MQ=255) cGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACAt < 1:4950056/150‑1 (MQ=255) gCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATg > 1:4868670/1‑150 (MQ=255) gTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACTGTTTGCTGACATGGCt < 2:2437826/150‑1 (MQ=255) tGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTTAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAAt < 2:661221/150‑1 (MQ=255) gCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAAtt < 2:2413908/150‑1 (MQ=255) cTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTc < 1:4892630/150‑1 (MQ=255) cTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTc < 2:1935988/150‑1 (MQ=255) cTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTc > 1:1056625/1‑150 (MQ=255) tCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCa > 2:1222022/1‑150 (MQ=255) tCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCa < 1:2706950/150‑1 (MQ=255) caGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCAt < 2:1249848/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCAtt > 1:1217159/1‑150 (MQ=255) ggCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTa < 2:443231/150‑1 (MQ=255) 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tAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTc > 1:638018/1‑150 (MQ=255) aaTCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCa > 1:1696355/1‑150 (MQ=255) aTCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCAc > 1:1424989/1‑150 (MQ=255) tCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCAcc < 1:3330204/150‑1 (MQ=255) cATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCt < 2:4330005/150‑1 (MQ=255) aTTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCACTCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCtt < 2:3332309/150‑1 (MQ=255) aTTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCtt < 2:734876/150‑1 (MQ=255) ttttCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTc < 2:758355/150‑1 (MQ=255) tttCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTca > 1:1098112/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTcag < 1:4131379/150‑1 (MQ=255) 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gATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACTGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAg < 1:2971872/150‑1 (MQ=255) tttGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCa > 2:868724/1‑150 (MQ=255) ccGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATc < 2:4158295/150‑1 (MQ=255) cGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATCg > 2:2523719/1‑150 (MQ=255) ggAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATCGa < 1:98224/150‑1 (MQ=255) 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aGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATCGAACAGCGCGTCGGTAAGCACCGCCAGAACAATTACCGGGATCACCCCCAGCAACACTAAATCAATGGCGCTGCTTAGCAGCCCCTg > 1:2902301/1‑150 (MQ=255) aGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATCGAACAGCGCGTCGGTAAGCACCGCCAGAACAATTACCGGGATCACCCCCAGCAACACTAAATCAATGGCGCTGCTTAGCAGCCCCTg > 1:1595800/1‑150 (MQ=255) | AGCGGATCTCTCCGCTGTCATGCTCCACCAGGCGGTTAATCATTTTCAGGGTGGTGGATTTGCCGGAGCCAGATGTGCCAATCAGCACCGAAAAACTCCCTTCCTGAAAATTGAGATTGAGATCGTTAACGGCTTTTTGTGCGCCGAACAGTTTGCTGACATGGCTAAATTCAATCATTACGTTTCACCTTCAGCAGTGCGATAAGCAAATCGAACAGCGCGTCGGTAAGCACCGCCAGAACAATTACCGGGATCACCCCCAGCAACACTAAATCAATGGCGCTGCTTAGCAGCCCCTG > CP009273/2210709‑2211007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |