Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,262,414 | C→A | 7.0% | H28N (CAT→AAT) | lpxT → | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,262,414 | 0 | C | A | 7.0% | 1186.8 / 40.5 | 313 | H28N (CAT→AAT) | lpxT | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/158); new base A (8/14); total (141/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTG > CP009273/2262265‑2262563 | ttGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATc < 2:1829705/150‑1 (MQ=255) gAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCAt > 1:3319829/1‑150 (MQ=255) gCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGa > 2:4605185/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |