| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 176,783 | G→T | 41.5% | D354Y (GAT→TAT) | dgt → | deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 176,783 | 0 | G | T | 41.5% | 332.0 / inf | 315 | D354Y (GAT→TAT) | dgt | deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/101); new base T (66/65); total (149/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
AGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGG > CP009273/176635‑176930 | aGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGa > 1:1412274/1‑150 (MQ=255)aGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGa > 1:1651145/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGAt < 1:1585289/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |