Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,407,678 | T→A | 23.7% | S244T (TCT→ACT) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,407,678 | 0 | T | A | 23.7% | 763.7 / 253.4 | 349 | S244T (TCT→ACT) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (138/128); new base A (48/35); total (186/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CAAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTAC > CP009273/2407529‑2407827 | cAAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGtt < 1:1506002/150‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTCTGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCt < 2:1624849/150‑1 (MQ=255) aaTGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTgg > 1:3513093/1‑150 (MQ=255) tGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTg > 1:2329065/1‑150 (MQ=255) gCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGa < 1:2137017/150‑1 (MQ=255) gCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGa > 1:1794215/1‑150 (MQ=255) cTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGat < 2:2127497/150‑1 (MQ=255) tGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGata < 1:3045563/150‑1 (MQ=255) gAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGatat > 2:4131620/1‑150 (MQ=255) aaCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATc > 1:4882885/1‑150 (MQ=255) aaCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCT‑GGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCg < 2:1293589/150‑1 (MQ=255) aCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCg < 1:3755770/150‑1 (MQ=255) aCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCg < 1:1183413/150‑1 (MQ=255) aCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCg > 2:4958240/1‑150 (MQ=255) aaaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGAt < 2:917367/150‑1 (MQ=255) aaaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGAt > 2:2685201/1‑150 (MQ=255) aaaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGGTCTGGTGATATCGAt > 2:4707331/1‑150 (MQ=255) aaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATc > 2:458788/1‑150 (MQ=255) ccGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCg < 1:4533972/150‑1 (MQ=255) ggTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATTTCGATCCGGc < 1:2545789/150‑1 (MQ=255) tAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGa < 1:1234004/150‑1 (MQ=255) agaagaACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGat > 2:1617412/1‑150 (MQ=255) aagaaCTGAAAATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGatca > 2:2661638/1‑150 (MQ=255) agaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGatcat > 1:4347773/1‑150 (MQ=255) aCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCtt > 1:1062778/1‑150 (MQ=255) tGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTCCCCGTTCGGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTcc > 2:3204153/1‑150 (MQ=255) tGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTcc > 1:2738827/1‑150 (MQ=255) tGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTcc > 1:140456/1‑150 (MQ=255) gAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCa < 1:4450918/150‑1 (MQ=255) aCATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCAcc > 2:280411/1‑150 (MQ=255) catcatCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCt > 2:2998902/1‑150 (MQ=255) catcaCCTGCCACCTGGGCAACTGTGGTTCCGTTTCTGCTATACGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCa > 1:240095/1‑150 (MQ=255) atcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCAc > 1:345364/1‑150 (MQ=255) tcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACg > 2:2020805/1‑150 (MQ=255) tcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACg > 1:3718704/1‑150 (MQ=255) tcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACg < 1:1338175/150‑1 (MQ=255) caCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGa > 1:628584/1‑150 (MQ=255) gCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACAccc < 1:2089196/150‑1 (MQ=255) 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tATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCt > 1:1847942/1‑150 (MQ=255) tATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCt > 1:1017121/1‑150 (MQ=255) aTGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTg > 2:718570/1‑150 (MQ=255) aTGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGATGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTg > 2:4304082/1‑150 (MQ=255) tGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGa < 1:5044360/150‑1 (MQ=255) gggCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGAc < 2:2905721/150‑1 (MQ=255) ggCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGAcc > 2:404035/1‑150 (MQ=255) gACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGt > 2:3396681/1‑150 (MQ=255) aCCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTg < 1:1915214/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGAcc > 1:3651235/1‑150 (MQ=255) cGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCa < 1:2881978/150‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCa < 2:4988814/150‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCa > 1:4051179/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGc < 1:2796909/150‑1 (MQ=255) tGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCg > 1:4904075/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCg > 2:3152551/1‑150 (MQ=255) gAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGAc < 1:324879/150‑1 (MQ=255) aaGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACt < 1:1275707/150‑1 (MQ=255) gTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGcc > 2:2247650/1‑150 (MQ=255) cTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCAGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGc > 1:4280176/1‑150 (MQ=255) tACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGa > 1:3003985/1‑150 (MQ=255) aCCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGAc > 1:43292/1‑150 (MQ=255) | CAAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTAC > CP009273/2407529‑2407827 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |