Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,416,101 | C→A | 95.0% | intergenic (+21/+27) | yfcH → / ← yfcI | putative NAD‑dependent nucleotide‑sugar epimerase/transposase_31 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,416,101 | 0 | C | A | 95.0% | 987.5 / 37.0 | 299 | intergenic (+21/+27) | yfcH/yfcI | putative NAD‑dependent nucleotide‑sugar epimerase/transposase_31 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/8); new base A (128/156); total (135/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCC > CP009273/2415954‑2416247 | ggCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTaa < 2:3436280/150‑1 (MQ=255) gAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTc > 2:3962462/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTcc > 2:46029/1‑150 (MQ=255) aTCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTccc < 2:2382650/150‑1 (MQ=255) cTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCgg < 2:656025/150‑1 (MQ=255) tCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGgtg < 1:3597534/150‑1 (MQ=255) cAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGgtgt > 2:1914219/1‑150 (MQ=255) cAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGgtgt > 2:1407834/1‑150 (MQ=255) gTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTa > 2:733019/1‑150 (MQ=255) tACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTAc < 1:141805/150‑1 (MQ=255) cTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAg < 2:2289622/150‑1 (MQ=255) cTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAg < 2:4832921/150‑1 (MQ=255) tGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTTCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTAGATCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGATAACTCCCGGTGTTAAAgg > 2:2859886/1‑150 (MQ=255) tGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAgg < 2:2566162/150‑1 (MQ=255) tGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAgg < 1:403232/150‑1 (MQ=255) tAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGt > 1:3975294/1‑150 (MQ=255) ggTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTgg > 1:2922539/1‑150 (MQ=255) tGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCt < 1:4740661/150‑1 (MQ=255) 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gCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATc > 1:3792231/1‑150 (MQ=255) ccTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCg < 2:4508743/150‑1 (MQ=255) cTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGt > 2:4040480/1‑150 (MQ=255) tAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTc < 1:1586764/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGt > 2:1059226/1‑150 (MQ=255) 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agGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTAt > 1:2553264/1‑150 (MQ=255) agGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTAt < 1:5047594/150‑1 (MQ=255) agGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTAt < 1:3382266/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCa < 1:1959419/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAg < 1:747382/150‑1 (MQ=255) 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gCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCAtc > 1:3244740/1‑150 (MQ=255) cGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCAtct < 2:3111605/150‑1 (MQ=255) ggATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCAtctc > 2:1084584/1‑150 (MQ=255) ggATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCAtctc > 1:3737350/1‑150 (MQ=255) gATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTcc > 2:205516/1‑150 (MQ=255) 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tgGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGc > 2:3775673/1‑150 (MQ=255) ggTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGct < 2:4060308/150‑1 (MQ=255) tACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGcttctt > 2:1792648/1‑150 (MQ=255) tACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGcttctt < 1:2697953/150‑1 (MQ=255) cAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCg > 2:1471465/1‑150 (MQ=255) 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aaCATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGttt < 2:739234/150‑1 (MQ=255) aaCATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGttt > 2:276746/1‑150 (MQ=255) | GTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCC > CP009273/2415954‑2416247 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |