| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,442,770 | A→C | 24.8% | D253E (GAT→GAG) | yfcO ← | DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,442,770 | 0 | A | C | 24.8% | 511.8 / 263.7 | 311 | D253E (GAT→GAG) | yfcO | DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (128/106); new base C (42/35); total (170/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTGACCGAGACTTCCGCCTTGTCACATCCCGACGCGGTAAAAGTTATCATCTGTGCAACCCAGCGGCAGTAACCACCTGTTTCATTCATCTG > CP009273/2442621‑2442919 | ggAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCa < 1:726194/150‑1 (MQ=255) ggAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCa > 2:1993756/1‑150 (MQ=255) aGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAac > 1:3374818/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |