| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,453,358 | G→T | 25.6% | I197I (ATC→ATA) | fadI ← | beta‑ketoacyl‑CoA thiolase, anaerobic, subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,453,358 | 0 | G | T | 25.6% | 900.1 / 258.3 | 379 | I197I (ATC→ATA) | fadI | beta‑ketoacyl‑CoA thiolase, anaerobic, subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (167/114); new base T (54/44); total (221/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
TTACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTTTGTT > CP009273/2453209‑2453507 | ttACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTg < 2:1851138/150‑1 (MQ=255) gAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGt > 1:519404/1‑150 (MQ=255) gAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGt > 1:3105587/1‑150 (MQ=255) gAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGt > 2:3209372/1‑150 (MQ=255) aaTATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTa > 1:610862/1‑150 (MQ=255) ttgttgTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGtt > 1:1149921/1‑150 (MQ=255) ttgtCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTc > 2:4345825/1‑150 (MQ=255) tCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGcc > 2:4463182/1‑150 (MQ=255) tCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCAtt > 1:3732352/1‑150 (MQ=255) cGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCAttt > 2:790479/1‑150 (MQ=255) cGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCAttt < 2:1309795/150‑1 (MQ=255) cGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTACCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCAttt > 2:3887383/1‑150 (MQ=255) gACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTg > 2:2430146/1‑150 (MQ=255) gACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTg > 1:2233314/1‑150 (MQ=255) gACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTg > 1:4138182/1‑150 (MQ=255) aCAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGc < 1:203707/150‑1 (MQ=255) aaGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGctc > 2:2980925/1‑150 (MQ=255) aaGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGctc > 2:3648113/1‑150 (MQ=255) 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tgttTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGgtg > 1:2397874/1‑150 (MQ=255) tttATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTc < 2:507979/150‑1 (MQ=255) tataAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGc > 1:2465121/1‑150 (MQ=255) tataAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGc > 1:3476152/1‑150 (MQ=255) taAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGccc > 2:2327681/1‑150 (MQ=255) taAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGccc < 1:3944229/150‑1 (MQ=255) aggaggGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCAt > 2:3422130/1‑150 (MQ=255) gaggGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATcc > 2:3960368/1‑150 (MQ=255) aggGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTCGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCCTCCg > 2:4981147/1‑150 (MQ=255) aaaGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGcc < 2:2180698/150‑1 (MQ=255) 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tcaCCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATAtt > 2:856577/1‑150 (MQ=255) caCCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTc > 2:4535567/1‑150 (MQ=255) ctctTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGc > 2:4864310/1‑150 (MQ=255) tcttctTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCt > 1:2538333/1‑150 (MQ=255) tcttctTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCt < 2:549354/150‑1 (MQ=255) 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cGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGt < 1:4857704/150‑1 (MQ=255) gTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGttt < 2:1718834/150‑1 (MQ=255) tGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTCGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTc > 2:1052512/1‑150 (MQ=255) gcgcTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCa < 2:4324885/150‑1 (MQ=255) gcTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGt < 1:2328527/150‑1 (MQ=255) gcTAATGCATCGTGCTGGTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCAGTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGt < 2:4197569/150‑1 (MQ=255) cTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTc < 2:2679288/150‑1 (MQ=255) cTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTc > 2:1412767/1‑150 (MQ=255) aTGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCt > 2:2967977/1‑150 (MQ=255) aTGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCt > 1:3720239/1‑150 (MQ=255) gCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTgg > 1:4001854/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCa > 1:1665783/1‑150 (MQ=255) ttGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCAt > 1:325374/1‑150 (MQ=255) tGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACAGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTa > 1:2673884/1‑150 (MQ=255) tcGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGc < 2:4008167/150‑1 (MQ=255) cGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCt > 1:4397553/1‑150 (MQ=255) gATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTttgtt < 2:3136757/150‑1 (MQ=255) | TTACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTTTGTT > CP009273/2453209‑2453507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |