| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,483,811 | A→T | 10.8% | V540E (GTG→GAG) | oxc ← | oxalyl CoA decarboxylase, ThDP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,483,811 | 0 | A | T | 10.8% | 841.7 / 72.1 | 258 | V540E (GTG→GAG) | oxc | oxalyl CoA decarboxylase, ThDP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (124/106); new base T (15/13); total (139/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
ATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATG > CP009273/2483664‑2483958 | ataataGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACcaca > 2:486247/1‑150 (MQ=255)ataataGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACcaca > 1:3745373/1‑150 (MQ=255) taataGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACAt > 1:2588283/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |