Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,503,813 | A→C | 11.4% | A235A (GCA→GCC) | yfeO → | putative ion channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,503,813 | 0 | A | C | 11.4% | 771.7 / 96.2 | 281 | A235A (GCA→GCC) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/112); new base C (17/15); total (154/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CTCTTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGA > CP009273/2503664‑2503962 | tctTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGAATATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTAAGTACAGATGGAAATGACAGATATTCAAAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCgcag > 1:2230497/1‑150 (MQ=255) ctTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCgcagc > 1:1030713/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGcagcag < 1:2382295/150‑1 (MQ=255) 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aTGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCCGCAGGGATGGTCGcc < 2:4217669/150‑1 (MQ=255) cggcAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTAt > 1:2044813/1‑150 (MQ=255) ggcAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATg > 1:1280366/1‑150 (MQ=255) ggcAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATg > 1:1280480/1‑150 (MQ=255) gcagcaGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCCGCAGGGATGGTCGCCGTATgg > 2:725219/1‑150 (MQ=255) agcagcTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTg < 2:5124496/150‑1 (MQ=255) gcagcTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGc > 2:3837393/1‑150 (MQ=255) cagcTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCt < 1:1076950/150‑1 (MQ=255) tGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCCTTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTAcc < 1:3717643/150‑1 (MQ=255) ggTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCa > 2:733733/1‑150 (MQ=255) 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gcagcaGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTg < 1:1065228/150‑1 (MQ=255) agcagGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGa < 1:2653484/150‑1 (MQ=255) | CTCTTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGA > CP009273/2503664‑2503962 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |