| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,520,652 | C→A | 93.4% | I116I (ATC→ATA) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,520,652 | 0 | C | A | 93.4% | 1126.6 / 65.5 | 362 | I116I (ATC→ATA) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/10); new base A (156/182); total (170/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
GCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGG > CP009273/2520505‑2520798 | tttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCtt < 1:396071/150‑1 (MQ=255) tAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCaa < 2:3550986/150‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATg < 1:2418025/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |