Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,540,445 | G→T | 5.5% | A138A (GCG→GCT) | murP → | N‑acetylmuramic acid permease, EIIBC component, PTS system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,540,445 | 0 | G | T | 5.5% | 1302.1 / 32.8 | 324 | A138A (GCG→GCT) | murP | N‑acetylmuramic acid permease, EIIBC component, PTS system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/150); new base T (8/10); total (164/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CAGGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGAATTTTATGAAGGTGTTCAGCAAAGGTTTGTTCACTTTCCTGGTGATTCTGGTGGGCTATAACGCCGCCCAGGCATTTGGCGG > CP009273/2540296‑2540591 | aGGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGa > 1:714748/1‑150 (MQ=255) ggATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGAc < 1:4458774/150‑1 (MQ=255) gATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACg < 2:569930/150‑1 (MQ=255) 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ccGCAGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTaa < 1:4581340/150‑1 (MQ=255) cGCAGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGATAAt > 1:2704214/1‑150 (MQ=255) aGAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGc < 1:4981470/150‑1 (MQ=255) gAAATCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGcc < 1:2415267/150‑1 (MQ=255) aaaTCGCCGCCCAGAACAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCa < 1:4711634/150‑1 (MQ=255) 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caaacaaaCCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAac > 2:3211035/1‑150 (MQ=255) caaacaaaCCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAac > 1:4929813/1‑150 (MQ=255) acaaacCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACt > 2:1943094/1‑150 (MQ=255) acaaacCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTACACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACt < 2:1827168/150‑1 (MQ=255) aacCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTAcc > 1:2043455/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |