Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,583,584 | T→A | 7.7% | I877I (ATT→ATA) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,583,584 | 0 | T | A | 7.7% | 995.2 / 55.8 | 304 | I877I (ATT→ATA) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/144); new base A (12/12); total (148/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
AAGCCGCACCGGGGGTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGT > CP009273/2583436‑2583733 | aaGCCGCACCGGGGGTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCAttt < 1:1017149/150‑1 (MQ=255) aGCCGCACCGGGGGTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTc < 2:698293/150‑1 (MQ=255) aGCCGCACCGGGGGTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTc < 2:538505/150‑1 (MQ=255) 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gggggTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCtggt < 1:706793/150‑1 (MQ=255) gggggTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCtggt > 2:2314557/1‑150 (MQ=255) gggggTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCtggt > 2:4877183/1‑150 (MQ=255) ggggTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCtggtg < 1:2353562/150‑1 (MQ=255) gTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTTCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCATGAGCGGCTTTCCTGCGCGCAGGCTCCGTCGCTGTACGCCAATTCCTTGCTGGTGGTa > 1:1817213/1‑150 (MQ=255) 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ttCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGAt < 2:425736/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATg > 2:2482861/1‑150 (MQ=255) cGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgcg < 1:2169168/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgcgc > 1:2260625/1‑150 (MQ=255) cgcgcAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCgg < 1:3545800/150‑1 (MQ=255) cgcgcAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCgg > 1:5132203/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCggg < 2:168791/150‑1 (MQ=255) cgcAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGc < 1:4434487/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATATCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCt < 2:371434/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGa < 1:1753797/150‑1 (MQ=255) gCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaa > 1:1083253/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAac > 2:354729/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacga > 2:249964/1‑150 (MQ=255) cgcTGTACGCCATATCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacgacg < 1:3783180/150‑1 (MQ=255) gTACGCCATATCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTa > 1:4601299/1‑150 (MQ=255) cGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACtt < 1:4687113/150‑1 (MQ=255) gCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTc < 2:1503592/150‑1 (MQ=255) ccAATTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTcc > 2:4643681/1‑150 (MQ=255) cATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCa < 2:1133671/150‑1 (MQ=255) cATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCa < 2:2894941/150‑1 (MQ=255) tttCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAgg > 1:4186493/1‑150 (MQ=255) ttCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGt < 2:2540452/150‑1 (MQ=255) | AAGCCGCACCGGGGGTCAGTACCGGTACGGCGATGGATATTATGGAATCGTTAGTGAAGCAGCTGCCAAACGGCTTTGGTCTGGAGTGGACGGCGATGTCGTATCAGGAGCGGCTTTCCGGCGCGCAGGCTCCGGCGCTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTCCAGGT > CP009273/2583436‑2583733 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |