| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,647,590 | C→A | 8.2% | E235* (GAA→TAA) | sseB ← | rhodanase‑like enzyme, sulfur transfer from thiosulfate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,647,590 | 0 | C | A | 8.2% | 1066.1 / 47.4 | 287 | E235* (GAA→TAA) | sseB | rhodanase‑like enzyme, sulfur transfer from thiosulfate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (137/126); new base A (15/9); total (152/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
GGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCAGGTAATGTATCGGTCGCTACACTTCCCGTCGCCTGAATAATTTCTTCGATATCACCATCGGCTTCAATGCCAATAAGTAAAT > CP009273/2647441‑2647739 | ggCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTc < 1:5055115/150‑1 (MQ=255) cAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGtaa > 1:3493433/1‑150 (MQ=255) cAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTAGGtaa < 2:4475023/150‑1 (MQ=255) tttACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGtaataa > 1:3593931/1‑150 (MQ=255) tttACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGtaataa < 1:5113680/150‑1 (MQ=255) tACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAg > 1:4780330/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTg < 1:54595/150‑1 (MQ=255) tggtggTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTgg < 1:43985/150‑1 (MQ=255) gtggtTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCACTATGTTCGGTAATAAAGTGGCt > 2:3014654/1‑150 (MQ=255) gtggtTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCt < 1:1487149/150‑1 (MQ=255) ttAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAAtt < 2:1179703/150‑1 (MQ=255) tAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTc < 2:420612/150‑1 (MQ=255) aacaacCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTcc > 1:2058689/1‑150 (MQ=255) 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gcaAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTCTCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTCATAAAGTGGCTAATTCCTGTTTCCCCTTTTTTc > 2:3439436/1‑150 (MQ=255) caAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCa < 2:1075494/150‑1 (MQ=255) aaGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCAc > 2:4024222/1‑150 (MQ=255) aGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCAcc < 1:2850451/150‑1 (MQ=255) aGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCAcc < 1:1582015/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |