| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,651,665 | G→T | 94.5% | G210G (GGC→GGA) | hscA ← | DnaK‑like molecular chaperone specific for IscU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,651,665 | 0 | G | T | 94.5% | 1266.1 / 52.7 | 395 | G210G (GGC→GGA) | hscA | DnaK‑like molecular chaperone specific for IscU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/14); new base T (220/153); total (228/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
GCTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACGCTGGGCATC > CP009273/2651518‑2651811 | gCTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGcc < 2:1351122/150‑1 (MQ=255) cTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCa < 2:3915453/150‑1 (MQ=255) tCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAgg < 1:2073559/150‑1 (MQ=255) 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aaTGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATa > 2:4099582/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGc > 2:101154/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGc > 2:1904676/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGc > 1:2440978/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGAt < 2:4542361/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGCGAATGTAATCCGACAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGAt < 2:1258728/150‑1 (MQ=255) gCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCa < 1:3527406/150‑1 (MQ=255) tCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACg < 2:3147551/150‑1 (MQ=255) cgcgAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGc > 1:1952379/1‑150 (MQ=255) cgAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCTCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAAAGTCCCTCCACCGAGGTCAGAAACGGCGATCACGCCt > 1:33422/1‑150 (MQ=255) 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tcatcGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATa < 1:4628208/150‑1 (MQ=255) atcGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGc > 2:4234199/1‑150 (MQ=255) tcGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGcc < 2:2925416/150‑1 (MQ=255) ccgccgAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCa > 2:4786029/1‑150 (MQ=255) gccgAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGc < 2:4965988/150‑1 (MQ=255) ccgAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGcg > 2:3341171/1‑150 (MQ=255) gAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGcggt < 1:1415742/150‑1 (MQ=255) gcgGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGcggtcggt < 2:1416982/150‑1 (MQ=255) gcgGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGcggtcggt > 1:3726912/1‑150 (MQ=255) cgGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGtt > 2:2174760/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |