Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,742,753 | C→A | 6.9% | I207I (ATC→ATA) | yfjD → | UPF0053 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,742,753 | 0 | C | A | 6.9% | 1069.8 / 36.6 | 276 | I207I (ATC→ATA) | yfjD | UPF0053 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (142/115); new base A (10/9); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GGTATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGACATCATGGTGCCGCGCAGTGAAATTATCGGTATTGATATCAACGATGACTGGAAATCGATTCTGCGCCAACTCTCCCACTCACCTCACGGGCGCATCGTGCTCTACCGTGATTCGCTGGACGACGCCATCAGTATGCTGCGAGTACGTGAAGC > CP009273/2742604‑2742902 | ggTATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGAcatc > 2:926324/1‑150 (MQ=255) tATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGAcatcat < 2:416505/150‑1 (MQ=255) aTCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGACATCATg < 1:1182962/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |