| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,806,022 | G→T | 7.0% | T16T (ACG→ACT) | emrB → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,806,022 | 0 | G | T | 7.0% | 1205.4 / 42.5 | 312 | T16T (ACG→ACT) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/145); new base T (11/11); total (156/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
CGGTAGCGGTAAGCACCGCGCGTGAAATCAGCCTGGCACCTGTCAATAAACTGATCGACGATATCGTAAAAGCTAACGCTGGCTAATCCAGAGGTGCGTGTGATGCAACAGCAAAAACCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATGCCATCTCGAT > CP009273/2805873‑2806171 | ggTAGCGGTAAGCACCGCGCGTGAAATCAGCCTGGCACCTGTCAATAAACTGATCGACGATATCGTAAAAGCTAACGCTGGCTAATCCAGAGGTGCGTGTGATGCAACAGCAAAAACCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGa > 1:4674094/1‑150 (MQ=255) gTAGCGGTAAGCCCCGCGCGTGAAATCAGCCTGGCACCTGTCAATAACCTGATCGACGAGATCGTAAAAGCTAACGCTGGCTAATCCAGAGGTGCGTGTGATGCAACAGCAAAAACCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGAt < 1:8445/150‑1 (MQ=255) tAGCGGTAAGCACCGCGCGTGAAATCAGCCTGGCACCTGTCAATAAACTGATCGACGATATCGTAAAAGCTAACGCTGGCTAATCCAGAGGTGCGTGTGATGCAACAGCAAAAACCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGAtt < 1:1327359/150‑1 (MQ=255) 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aaaaCCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGt > 1:2345058/1‑150 (MQ=255) caaCCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTa < 2:1209414/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATc < 1:105560/150‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCa < 2:1573703/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCAct < 2:1718565/150‑1 (MQ=255) 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gcgcAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCggg > 2:1661376/1‑150 (MQ=255) cAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTg > 2:4059684/1‑150 (MQ=255) cTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCg < 2:2951964/150‑1 (MQ=255) tGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGa < 1:687111/150‑1 (MQ=255) ggTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGaa > 2:2284030/1‑150 (MQ=255) tCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATg < 1:984058/150‑1 (MQ=255) tCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATg > 2:4347709/1‑150 (MQ=255) cATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATGc < 1:1166152/150‑1 (MQ=255) cATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATGc > 1:2110309/1‑150 (MQ=255) tATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCTCTTCTTTCGGGGTGGCGAATGCCAt > 2:729929/1‑150 (MQ=255) tATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATGCCAt > 1:3070201/1‑150 (MQ=255) aTGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATGCCAtc > 1:4001946/1‑150 (MQ=255) | CGGTAGCGGTAAGCACCGCGCGTGAAATCAGCCTGGCACCTGTCAATAAACTGATCGACGATATCGTAAAAGCTAACGCTGGCTAATCCAGAGGTGCGTGTGATGCAACAGCAAAAACCGCTGGAAGGCGCGCAACTGGTCATTATGACGATTGCGCTGTCACTGGCGACATTCATGCAGGTGCTGGACTCCACCATTGCTAACGTGGCGATCCCCACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGGCGAATGCCATCTCGAT > CP009273/2805873‑2806171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |