| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,828,952 | C→A | 93.8% | T611T (ACG→ACT) | hypF ← | carbamoyl phosphate phosphatase and maturation protein for [NiFe] hydrogenases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,828,952 | 0 | C | A | 93.8% | 1041.5 / 56.7 | 361 | T611T (ACG→ACT) | hypF | carbamoyl phosphate phosphatase and maturation protein for [NiFe] hydrogenases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/14); new base A (158/180); total (167/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CCGGTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTAA > CP009273/2828804‑2829096 | ccGGTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACg > 1:3468725/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtgg > 2:4166897/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtgg > 2:2194658/1‑150 (MQ=255) tgcctgccGGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggc > 2:4279778/1‑150 (MQ=255) cctgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggctg < 1:2546326/150‑1 (MQ=255) gccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGgcg > 1:1055140/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAg < 1:3633658/150‑1 (MQ=255) tCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCAGAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGc > 2:3005158/1‑150 (MQ=255) aGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGccc < 2:4631472/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTg < 2:3812134/150‑1 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgccg > 2:3482786/1‑150 (MQ=255) ctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgccgc > 1:2910982/1‑150 (MQ=255) cAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgccgccgcc > 2:476173/1‑150 (MQ=255) aGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCa > 2:1137850/1‑150 (MQ=255) aaaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACt > 2:2880971/1‑150 (MQ=255) aaaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACt < 1:4389473/150‑1 (MQ=255) aaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTg < 2:2206685/150‑1 (MQ=255) gTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCa < 1:1116635/150‑1 (MQ=255) tGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCAt < 1:1286792/150‑1 (MQ=255) ggCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATc < 1:5075257/150‑1 (MQ=255) gCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCg > 1:1849003/1‑150 (MQ=255) gCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCg < 1:47024/150‑1 (MQ=255) gCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCg < 1:46875/150‑1 (MQ=255) 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gATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcac > 2:4392764/1‑150 (MQ=255) gATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcac < 1:598399/150‑1 (MQ=255) aTTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcaca < 2:4692248/150‑1 (MQ=255) aTTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcaca > 1:2811452/1‑150 (MQ=255) aTTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcaca > 1:4245535/1‑150 (MQ=255) ttGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCacac < 2:1670019/150‑1 (MQ=255) ccACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATg < 1:3211791/150‑1 (MQ=255) aCCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGAc < 2:376768/150‑1 (MQ=255) aCCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGAc > 2:3404453/1‑150 (MQ=255) cccGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACg > 1:3726779/1‑150 (MQ=255) gcgGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCa < 2:2556923/150‑1 (MQ=255) gcgGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCa < 1:1010732/150‑1 (MQ=255) cgGCATTGTCACCGGATTCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAg < 1:3967222/150‑1 (MQ=255) cgGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAg > 1:4301449/1‑150 (MQ=255) cgGCAGTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAg < 2:4590001/150‑1 (MQ=255) 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ccAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGtttt < 2:4885770/150‑1 (MQ=255) ccAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGtttt < 2:4885729/150‑1 (MQ=255) agagCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGc > 2:748526/1‑150 (MQ=255) gagaACAAGCCGATTCACATTCATATGTTAAAGTGGCTGGCGAACAGCACAGTGCCGCCGCCACTGAATCTAAAAAACGCCCACACGATGACGCCATCGGCGCGTTAATTACACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCt < 1:2332470/150‑1 (MQ=255) gagCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCt < 2:3781418/150‑1 (MQ=255) 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caAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGc > 2:811238/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCacac > 1:1581152/1‑150 (MQ=255) cGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACt > 1:1961773/1‑150 (MQ=255) ttCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGc > 1:1376583/1‑150 (MQ=255) cACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTg < 2:2861532/150‑1 (MQ=255) aCCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGt > 1:4004586/1‑150 (MQ=255) ccTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGtt < 1:2181713/150‑1 (MQ=255) ttCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTc > 2:3871645/1‑150 (MQ=255) tCATAACTTACAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCa < 2:4788236/150‑1 (MQ=255) aTAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCaga > 1:2264665/1‑150 (MQ=255) aTAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCaga > 1:2600662/1‑150 (MQ=255) aCTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTa > 2:2440032/1‑150 (MQ=255) | CCGGTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTAA > CP009273/2828804‑2829096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |