Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 245,779 | C→A | 9.0% | pseudogene (779/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 245,779 | 0 | C | A | 9.0% | 1429.8 / 75.5 | 387 | pseudogene (779/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (161/191); new base A (19/16); total (180/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
TCAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTT > CP009273/245630‑245928 | tttATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAAt < 1:493028/150‑1 (MQ=255) ttATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATc > 2:1399293/1‑150 (MQ=255) ccgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGACGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCt < 1:1360881/150‑1 (MQ=255) ccgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCt < 1:2626222/150‑1 (MQ=255) cgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTg > 2:4088455/1‑150 (MQ=255) gccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTgg < 2:1034789/150‑1 (MQ=255) gAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGa > 1:3669527/1‑150 (MQ=255) atCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCgg > 1:2112531/1‑150 (MQ=255) tCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCggg < 2:1085009/150‑1 (MQ=255) cGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGtt > 2:2270915/1‑150 (MQ=255) cTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTAc > 1:83246/1‑150 (MQ=255) ttCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTAcc < 2:474318/150‑1 (MQ=255) catcaGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCt > 1:4838536/1‑150 (MQ=255) catcaGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCt < 2:1251934/150‑1 (MQ=255) atcaGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCtg > 1:2836549/1‑150 (MQ=255) caGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCtgtg < 2:3614690/150‑1 (MQ=255) caGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCtgtg < 1:3256485/150‑1 (MQ=255) aGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGc > 2:2416371/1‑150 (MQ=255) aGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGc > 1:4119754/1‑150 (MQ=255) tttATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTg > 1:4710715/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTcca > 1:1059050/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTccac < 1:1472645/150‑1 (MQ=255) cGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTccacca < 1:3220020/150‑1 (MQ=255) cGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTccacca < 2:699617/150‑1 (MQ=255) cGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTccacca < 1:3875457/150‑1 (MQ=255) gTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAg > 1:3023160/1‑150 (MQ=255) gTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAg > 1:4971393/1‑150 (MQ=255) tgatgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAgcg > 1:3731189/1‑150 (MQ=255) atgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGcc < 2:4879597/150‑1 (MQ=255) gaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGccac > 2:970138/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGccacca > 2:4963419/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGccacca < 2:367677/150‑1 (MQ=255) ggCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGttt < 1:4666880/150‑1 (MQ=255) gTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTa > 2:2901399/1‑150 (MQ=255) gTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTa < 2:3779093/150‑1 (MQ=255) tACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTaa > 2:828385/1‑150 (MQ=255) actgactgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAc < 2:3171131/150‑1 (MQ=255) ctgactgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc > 2:2919856/1‑150 (MQ=255) ctgactgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc < 2:1322623/150‑1 (MQ=255) gactgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGa > 1:3649467/1‑150 (MQ=255) gactgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGa < 1:2176198/150‑1 (MQ=255) gactgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGa > 1:2918116/1‑150 (MQ=255) ctgGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAgg < 2:748255/150‑1 (MQ=255) gCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTa > 1:1545783/1‑150 (MQ=255) gCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTa < 1:3545144/150‑1 (MQ=255) cTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTaa < 1:4942820/150‑1 (MQ=255) tAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAAc < 1:4057246/150‑1 (MQ=255) tAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCAACAGTTTGTAACCGAGGCTTAAAc < 2:491823/150‑1 (MQ=255) tAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAAc > 2:480591/1‑150 (MQ=255) ggCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGa > 1:2195626/1‑150 (MQ=255) ggCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGa < 2:909069/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGAt < 2:2497689/150‑1 (MQ=255) ggAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAg > 2:1871196/1‑150 (MQ=255) ggAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAg > 2:3253126/1‑150 (MQ=255) gAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAgg < 1:4997070/150‑1 (MQ=255) aGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCt < 2:4612448/150‑1 (MQ=255) gTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTc > 1:663776/1‑150 (MQ=255) ttttCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCg > 1:2763579/1‑150 (MQ=255) tttCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGa < 2:5083872/150‑1 (MQ=255) tCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATc > 2:2376218/1‑150 (MQ=255) tCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATc < 1:3167640/150‑1 (MQ=255) cccGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCa > 2:4477755/1‑150 (MQ=255) ccGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAg < 2:3930489/150‑1 (MQ=255) gAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCg < 2:4773844/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCgg > 2:3504457/1‑150 (MQ=255) aaTGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCgg > 2:2068192/1‑150 (MQ=255) tGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGaa > 2:1778008/1‑150 (MQ=255) ggATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATgg > 1:700763/1‑150 (MQ=255) ggATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATgg > 2:3021194/1‑150 (MQ=255) gATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGt < 1:3463930/150‑1 (MQ=255) tctcCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGttt < 2:4425732/150‑1 (MQ=255) tctcCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTGTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGttt > 1:2494444/1‑150 (MQ=255) tcCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCCCGCCGCGAATCCGCTGTGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTTTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTcc < 1:2322597/150‑1 (MQ=255) tcCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTcc > 1:1636022/1‑150 (MQ=255) cagcagcaCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACt < 1:4533363/150‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGa > 1:958679/1‑150 (MQ=255) agcaCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGAcc < 2:92006/150‑1 (MQ=255) cGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACctgct < 1:3837741/150‑1 (MQ=255) ccGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCtgctgc < 1:1752054/150‑1 (MQ=255) cGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTgctgct > 2:2028233/1‑150 (MQ=255) gCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCt < 1:4272205/150‑1 (MQ=255) gCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCt < 1:4513088/150‑1 (MQ=255) ccGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTg < 1:1844051/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCTGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGtt > 2:1603890/1‑150 (MQ=255) tCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGtt < 2:2623492/150‑1 (MQ=255) cAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGttt < 2:4358102/150‑1 (MQ=255) cAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGttt < 2:538626/150‑1 (MQ=255) cAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGttt > 2:2796151/1‑150 (MQ=255) aaTCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGt > 2:1843079/1‑150 (MQ=255) tCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGa < 2:3883828/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATgg > 1:1145202/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGt < 2:862988/150‑1 (MQ=255) ccGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCg < 2:61762/150‑1 (MQ=255) cGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCgg > 1:2439477/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTc > 2:1214240/1‑150 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGc < 1:1975159/150‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGc < 1:442748/150‑1 (MQ=255) cgcgAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCg > 2:2570196/1‑150 (MQ=255) cgcgAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCg > 1:2089995/1‑150 (MQ=255) cgAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGtt > 1:4571956/1‑150 (MQ=255) | TCAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTT > CP009273/245630‑245928 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |