Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,860,460 | G→T | 28.6% | R151S (CGC→AGC) | rpoS ← | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,860,460 | 0 | G | T | 28.6% | 678.9 / 252.2 | 327 | R151S (CGC→AGC) | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/96); new base T (54/40); total (191/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTACCACCA > CP009273/2860311‑2860609 | tctGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTACACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCACTCGTCTGGCGa > 2:548245/1‑150 (MQ=255) tctGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGa > 2:804860/1‑150 (MQ=255) tGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAAt > 2:1602463/1‑150 (MQ=255) 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ggTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGtt < 1:4199979/150‑1 (MQ=255) gTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTg > 2:1873745/1‑150 (MQ=255) cATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTgaga > 1:2294626/1‑150 (MQ=255) aTGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCTAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGaa > 1:3812947/1‑150 (MQ=255) tGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAg < 2:728149/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTacc > 1:365473/1‑150 (MQ=255) gAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTAccacca > 2:4805228/1‑150 (MQ=255) | CTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTACCACCA > CP009273/2860311‑2860609 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |