| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,927,355 | A→C | 6.0% | intergenic (‑308/‑239) | fucA ← / → fucP | L‑fuculose‑1‑phosphate aldolase/L‑fucose transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,927,355 | 0 | A | C | 6.0% | 937.5 / 44.0 | 295 | intergenic (‑308/‑239) | fucA/fucP | L‑fuculose‑1‑phosphate aldolase/L‑fucose transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (126/151); new base C (12/6); total (138/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |