| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,057,492 | A→T | 13.3% | E47D (GAA→GAT) | scpB → | methylmalonyl‑CoA decarboxylase, biotin‑independent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,057,492 | 0 | A | T | 13.3% | 937.3 / 116.5 | 330 | E47D (GAA→GAT) | scpB | methylmalonyl‑CoA decarboxylase, biotin‑independent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (157/127); new base T (26/18); total (185/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAA > CP009273/3057343‑3057641 | ggAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGaa < 1:4262013/150‑1 (MQ=255) gAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGaaa > 2:3030222/1‑150 (MQ=255) gAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGaaa > 1:1694078/1‑150 (MQ=255) 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aGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCaaa > 2:4466477/1‑150 (MQ=255) gCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATc < 1:4480905/150‑1 (MQ=255) ttAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCAcc > 1:1985999/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCAcc > 1:689080/1‑150 (MQ=255) tAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCAccc > 1:921714/1‑150 (MQ=255) 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gAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCg > 1:340800/1‑150 (MQ=255) gAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCg < 2:1610224/150‑1 (MQ=255) | GGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAA > CP009273/3057343‑3057641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |