Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,211,527 | C→A | 5.6% | A303A (GCG→GCT) | aer ← | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,211,527 | 0 | C | A | 5.6% | 1147.4 / 28.2 | 286 | A303A (GCG→GCT) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (127/143); new base A (4/12); total (131/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAAC > CP009273/3211378‑3211675 | gTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGAcgcc > 2:816241/1‑150 (MQ=255) gTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGAcgcc < 1:3155669/150‑1 (MQ=255) gTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGAcgcc < 2:4344374/150‑1 (MQ=255) gTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGAcgcc < 1:248506/150‑1 (MQ=255) gTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGAcgcc < 1:2067254/150‑1 (MQ=255) cAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCa > 1:4679904/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACAGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCAtt > 2:3852746/1‑150 (MQ=255) cgcTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTgg > 1:751835/1‑150 (MQ=255) 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ggTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCAt < 1:5073547/150‑1 (MQ=255) gTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATg > 1:3113134/1‑150 (MQ=255) aCTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGt > 1:4844876/1‑150 (MQ=255) cGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCa < 2:4243778/150‑1 (MQ=255) cGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCa < 2:4479305/150‑1 (MQ=255) 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ttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTa < 2:1167003/150‑1 (MQ=255) cACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAAt > 1:3316722/1‑150 (MQ=255) cACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAAt < 1:4502899/150‑1 (MQ=255) aCCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAAtt > 1:2880152/1‑150 (MQ=255) cGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAg < 2:3149248/150‑1 (MQ=255) cGACGCAGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAg < 1:154422/150‑1 (MQ=255) ccgccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAAc < 1:4872148/150‑1 (MQ=255) | GTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAAC > CP009273/3211378‑3211675 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |