| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,231,349 | A→C | 43.9% | Q227P (CAG→CCG) | ygjR → | putative NAD(P)‑dependent dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,231,349 | 0 | A | C | 43.9% | 35.7 / inf | 349 | Q227P (CAG→CCG) | ygjR | putative NAD(P)‑dependent dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/116); new base C (86/67); total (166/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
TATGGATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATA > CP009273/3231200‑3231495 | tATGGATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTgca > 1:2554265/1‑150 (MQ=255) tGGATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTgcagc > 1:3333764/1‑150 (MQ=255) cGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCaaa < 2:241098/150‑1 (MQ=255) ggTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCaaaa > 2:1261507/1‑150 (MQ=255) ttttACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTc > 1:101297/1‑150 (MQ=255) tttACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCa < 1:2904242/150‑1 (MQ=255) tGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGAt < 1:715143/150‑1 (MQ=255) tGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGAt < 2:3301075/150‑1 (MQ=255) tGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGAt < 2:722420/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTc < 1:3973638/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTc > 1:2597379/1‑150 (MQ=255) cTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCt < 2:4182637/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGt > 1:2077973/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCgcagca > 2:729001/1‑150 (MQ=255) tGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCata < 1:165086/150‑1 (MQ=255) | TATGGATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATA > CP009273/3231200‑3231495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |