| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,347,778 | G→A | 94.0% | intergenic (‑369/‑306) | yhcC ← / → gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,347,778 | 0 | G | A | 94.0% | 1006.4 / 40.9 | 302 | intergenic (‑369/‑306) | yhcC/gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/10); new base A (133/150); total (141/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGA > CP009273/3347631‑3347924 | ttACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCGGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCa < 2:2362873/150‑1 (MQ=255) ttACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCa < 1:780672/150‑1 (MQ=255) tACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCAt > 1:633082/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTAATTTCAATCAATTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCCCATCATATTTATGc < 2:3994602/150‑1 (MQ=255) ttttAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCa < 1:2402860/150‑1 (MQ=255) ttttAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCa > 1:4760996/1‑150 (MQ=255) tAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTa > 1:3437852/1‑150 (MQ=255) tAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTa < 1:1728620/150‑1 (MQ=255) 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tCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTga < 2:2764104/150‑1 (MQ=255) tCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTga > 2:1081052/1‑150 (MQ=255) | ATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGA > CP009273/3347631‑3347924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |