Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,361,234 | G→T | 7.9% | D17Y (GAC→TAC) | yhcG → | DUF1016 family protein in the PD‑(D/E)XK nuclease superfamily |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,361,234 | 0 | G | T | 7.9% | 992.4 / 37.1 | 263 | D17Y (GAC→TAC) | yhcG | DUF1016 family protein in the PD‑(D/E)XK nuclease superfamily |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/123); new base T (14/8); total (132/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTA > CP009273/3361085‑3361383 | ggAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacg > 1:598059/1‑150 (MQ=255) gAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 2:1231319/150‑1 (MQ=255) aaaGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacgac > 2:1573645/1‑150 (MQ=255) 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acaGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGACATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGACCAAGGTGGCGAGGcc > 2:3621594/1‑150 (MQ=255) cagGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAggg > 1:67281/1‑150 (MQ=255) aCCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGt < 1:893550/150‑1 (MQ=255) ccAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTa < 1:921746/150‑1 (MQ=255) cAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTAt < 1:3836350/150‑1 (MQ=255) 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ccACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCa < 2:167996/150‑1 (MQ=255) cACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAg < 1:3746149/150‑1 (MQ=255) | GGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTA > CP009273/3361085‑3361383 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |